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蛋白结构预测结果验证与可信度评估工程

共计 30 章节
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01
课程导入与工程视角建立
目标=蛋白结构预测结果验证与可信度评… · 工程流程 · 关键角色与交付物
课程导入工程视角建立
02
蛋白结构预测输出解析
目标=从AlphaFold2 · RoseTTAFold · ESMFold等工具输出中提取坐标
蛋白结构预测输出…AlphaFold2
03
结构比对基础与工程实现
目标=TM-score · RMSD · GDT-TS
结构比对基础工程实现
04
实验结构参考集构建
目标=从PDB中筛选与目标预测同源或… · 处理缺失残基 · 多链
实验结构参考集构…PDB
05
预测模型与实验结构的映射
目标=序列比对 · 残基编号映射 · 链对应关系建立
预测模型实验结构的映射
06
全局结构相似性评估实战
目标=对一组预测模型与实验结构计算T… · RMSD · GDT-TS
全局结构相似性评…目标=对一组预测…
07
局部结构质量评估
目标=使用lDDT · pLDDT · PAE等指标评估结构域
局部结构质量评估lDDT
08
置信度指标解读与校准
目标=pLDDT · PAE · pTM
置信度指标解读校准
09
预测误差来源剖析
目标=模板偏差 · 多序列比对深度 · 构象采样不足
预测误差来源剖析目标=模板偏差
10
无序区域与低复杂度区评估
目标=使用IUPred · DisProt · metapredict等工具识别内在…
无序区域低复杂度区评估
11
多链复合物预测验证
目标=评估蛋白-蛋白 · 蛋白-核酸 · 蛋白-配体复合物预测的界面质量
多链复合物预测验…目标=评估蛋白
12
结构域与折叠单元验证
目标=基于CATH · SCOP · FoldSeek等数据库进行折叠分类…
结构域折叠单元验证
13
模型质量评估工具链实战
目标=OpenStructure · MolProbity · ProSA-web
模型质量评估工具…OpenStructur…
14
立体化学与物理合理性检查
目标=键长 · 键角 · 二面角
立体化学物理合理性检查
15
分子动力学模拟辅助验证
目标=通过短时MD评估结构稳定性 · 柔性区域 · 氢键网络与实验结构或已知机制的吻合度
分子动力学模拟辅…MD
16
结合自由能与对接验证
目标=对预测复合物进行分子对接 · MM/PBSA或自由能微扰计算 · 评估结合模式与实验突变数据的匹配度
结合自由能对接验证
17
冷冻电镜与低分辨率密度图拟合
目标=将预测结构拟合到EM密度图 · 计算Q-score · CCC
冷冻电镜低分辨率密度图拟…
18
X射线晶体学与电子密度验证
目标=利用R因子 · R-free · 2Fo-Fc/Fo-Fc图评估预测结…
X射线晶体学电子密度验证
19
NMR与溶液态结构验证
目标=使用RDC · NOE · 化学位移等数据评估预测结构在溶液中的…
NMR溶液态结构验证
20
交联质谱与低分辨率实验约束
目标=利用XL-MS距离约束 · SAXS曲线 · FRET等数据验证预测结构的整体形状…
交联质谱低分辨率实验约束
21
突变与功能数据一致性评估
目标=将预测结构映射到已知突变 · 活性位点 · 结合位点数据
突变功能数据一致性评…
22
AlphaFold数据库与大规模评估
目标=使用AFDB · PDB · ModelArchive等资源进行大…
AlphaFold数据库
23
CASP与CAMEO评估体系
目标=理解CASP盲测评估指标 · CAMEO连续评估流程 · 评估中的结构比对与打分策略
CASPCAMEO
24
可信度分级与决策框架
目标=基于多源证据建立高 · 中 · 低可信度分级标准
可信度分级决策框架
25
不确定性量化与误差估计
目标=使用Bootstrap · 模型系综 · 深度集成
不确定性量化误差估计
26
自动化验证流水线构建
目标=设计并实现从预测输出到验证报告… · 包括输入解析 · 指标计算
自动化验证流水线…目标=设计并实现…
27
验证报告与可视化工程
目标=制作包含置信度热图 · PAE矩阵 · 比对叠加图
验证报告可视化工程
28
案例实战一
目标=单体蛋白预测验证 · 完成从预测到实验结构比对 · 置信度解读
案例实战一目标=单体蛋白预…
29
案例实战二
目标=多链复合物预测验证 · 评估界面质量 · 链间置信度
案例实战二目标=多链复合物…
30
案例实战三
目标=药物靶点结构可信度评估 · 整合结合口袋分析 · 对接
案例实战三目标=药物靶点结…