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本课程属于：028-蛋白结构预测与序列智能工程 生命科学与数字医疗 · 共 10 门相关课程，组合学习更完整。
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蛋白结构预测工程

共计 30 章节
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01
蛋白结构预测工程导论
目标=从序列到结构的工程化问题定义 · 核心挑战 · 评价指标与课程项目总览
蛋白结构预测工程…目标=从序列到结…
02
蛋白质结构基础与数据表示
目标=氨基酸 · 二级结构 · 三级结构
蛋白质结构基础数据表示
03
序列数据库与结构数据库工程
目标=UniProt · PDB · SCOP
序列数据库结构数据库工程
04
多序列比对与同源搜索实战
目标=BLAST · MMseqs2 · HMMER的安装
多序列比对同源搜索实战
05
模板-based结构预测工程
目标=同源建模流程 · 模板选择 · 比对修正
based模板
06
Threading与折叠识别
目标=势函数 · 穿线算法 · ProSPECT与I-TASSER的…
Threading折叠识别
07
从头结构预测的能量函数与采样
目标=Rosetta · 物理力场 · 知识势
从头结构预测的能…采样
08
深度学习结构预测基础
目标=残基接触图 · 距离图 · 几何约束与端到端可微结构模块
深度学习结构预测…目标=残基接触图
09
AlphaFold2工程解析
目标=MSA构建 · Evoformer · 结构模块
AlphaFold2工程解析
10
AlphaFold2实战
目标=本地部署 · 输入准备 · 多聚体预测
AlphaFold2目标=本地部署
11
RoseTTAFold与OpenFold工程实践
目标=架构对比 · 权重加载 · 推理加速与结果一致性评估
RoseTTAFoldOpenFold
12
ESMFold与语言模型结构预测
目标=蛋白质语言模型 · 单序列预测 · 嵌入提取与下游任务适配
ESMFold语言模型结构预测
13
结构预测中的MSA工程优化
目标=MSA深度 · 多样性 · 配对策略
MSA结构预测
14
多聚体与复合物结构预测
目标=链配对 · 对称性 · 界面预测
多聚体复合物结构预测
15
膜蛋白与柔性区域预测工程
目标=膜环境建模 · 跨膜区约束 · 柔性loop处理与实验验证衔接
膜蛋白柔性区域预测工程
16
结构精修与能量最小化
目标=分子动力学 · Rosetta relax · 侧链重排与立体化学质量提升
结构精修能量最小化
17
模型质量评估与选择
目标=pLDDT · PAE · TM-score
模型质量评估选择
18
结构预测流水线自动化
目标=Snakemake · Nextflow · Docker
结构预测流水线自…Snakemake
19
大规模结构预测任务管理
目标=任务队列 · 数据库缓存 · GPU资源分配
大规模结构预测任…目标=任务队列
20
蛋白结构预测的云与HPC部署
目标=AWS · 阿里云 · SLURM
HPC蛋白结构预测的云
21
突变与变异效应结构预测
目标=点突变建模 · 稳定性预测 · 致病性解读与工程化筛选流程
突变变异效应结构预测
22
蛋白-配体与蛋白-核酸复合物预测
目标=对接 · 共折叠 · AlphaFold3思路与工程化评估
蛋白配体
23
结构预测在药物发现中的应用
目标=靶点结构准备 · 虚拟筛选 · 结合模式分析与先导化合物优化
结构预测药物发现
24
结构预测在酶工程中的应用
目标=活性位点建模 · 底物特异性改造 · 热稳定性设计与实验反馈
结构预测酶工程
25
结构预测与冷冻电镜/晶体学整合
目标=实验密度图拟合 · 模型搭建 · 验证与迭代修正
结构预测冷冻电镜
26
低同源与孤儿蛋白预测策略
目标=远同源检测 · 片段补全 · 实验约束融合与不确定性量化
低同源孤儿蛋白预测策略
27
结构预测结果的可视化与报告
目标=PyMOL · ChimeraX · PDBsum
结构预测结果的可…报告
28
结构预测模型的版本管理与可复现性
目标=权重 · 数据库 · 代码
结构预测模型的版…可复现性
29
端到端课程项目
目标=从靶点序列到结构模型 · 质量评估 · 突变分析及报告撰写的完整实战
端到端课程项目目标=从靶点序列…
30
前沿与工程展望
目标=生成式结构模型 · 扩散模型 · 多模态融合
前沿工程展望