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本课程属于：028-蛋白结构预测与序列智能工程 生命科学与数字医疗 · 共 10 门相关课程，组合学习更完整。
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蛋白序列语言模型工程

共计 30 章节
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01
蛋白序列语言模型工程导论
目标=课程目标 · 蛋白序列作为语言的建模范式 · 工程化落地全流程概览
蛋白序列语言模型…目标=课程目标
02
蛋白序列数据获取与预处理工程
目标=UniProt · Pfam · PDB等数据源接入
蛋白序列数据获取预处理工程
03
蛋白序列分词与词表构建
目标=氨基酸级 · k-mer · BPE
蛋白序列分词词表构建
04
蛋白序列语言模型架构选型
目标=Transformer · CNN · RNN
蛋白序列语言模型…Transformer
05
掩码语言建模在蛋白序列上的工程实现
目标=MLM目标设计 · 掩码比例与策略 · 数据管道构建
掩码语言建模蛋白序列上的工程…
06
自回归蛋白序列语言模型工程
目标=因果注意力掩码 · 序列生成目标 · teacher forcing
自回归蛋白序列语…目标=因果注意力…
07
蛋白序列预训练数据管道与分布式训练
目标=大规模序列分片 · 流式加载 · 混合精度
蛋白序列预训练数…分布式训练
08
蛋白序列语言模型的微调工程
目标=下游任务适配 · 分类头/回归头设计 · 冻结策略
蛋白序列语言模型…目标=下游任务适…
09
蛋白序列嵌入提取与特征工程
目标=层选择 · 池化策略 · 嵌入降维
蛋白序列嵌入提取特征工程
10
蛋白序列语言模型的评估体系
目标=困惑度 · 掩码恢复准确率 · 嵌入相似度
蛋白序列语言模型…目标=困惑度
11
蛋白序列生成与定向进化工程
目标=条件生成 · 温度采样 · top-k/top-p
蛋白序列生成定向进化工程
12
蛋白序列语言模型在结构预测中的辅助工程
目标=嵌入作为结构预测输入 · 与AlphaFold/ESMFold… · 特征融合与误差分析
蛋白序列语言模型结构预测
13
蛋白序列语言模型在功能注释中的工程实践
目标=GO术语预测 · EC号预测 · 亚细胞定位
蛋白序列语言模型功能注释
14
蛋白序列语言模型在突变效应预测中的工程实践
目标=单点/多点突变建模 · 零样本打分 · 监督微调
蛋白序列语言模型突变效应预测
15
蛋白序列语言模型在抗体工程中的应用
目标=抗体序列建模 · CDR区域生成 · 亲和力成熟
蛋白序列语言模型抗体工程
16
蛋白序列语言模型在酶工程中的应用
目标=酶功能预测 · 热稳定性改造 · 底物特异性生成
蛋白序列语言模型酶工程
17
蛋白序列语言模型在蛋白质相互作用预测中的应用
目标=PPI数据集构建 · 序列对编码 · 交叉注意力架构与负采样工程
蛋白序列语言模型蛋白质相互作用预…
18
蛋白序列语言模型在肽与小型蛋白设计中的应用
目标=短序列建模 · 抗菌肽生成 · 约束满足生成与毒性/活性预测集成
蛋白序列语言模型小型蛋白设计
19
多模态蛋白语言模型工程
目标=序列-结构-功能多模态对齐 · 对比学习 · 跨模态检索与多任务训练管道
多模态蛋白语言模…目标=序列
20
蛋白序列语言模型的可解释性与注意力分析
目标=注意力可视化 · 归因方法 · 突变影响定位
蛋白序列语言模型…注意力分析
21
蛋白序列语言模型的压缩与高效推理
目标=量化 · 剪枝 · 知识蒸馏
蛋白序列语言模型…高效推理
22
蛋白序列语言模型的部署与服务化
目标=模型打包 · REST/gRPC接口 · 批处理与流式推理
蛋白序列语言模型…服务化
23
蛋白序列语言模型的持续学习与领域适应
目标=新数据增量训练 · 灾难性遗忘缓解 · 领域自适应预训练与在线学习策略
蛋白序列语言模型…领域适应
24
蛋白序列语言模型的数据泄漏与基准陷阱
目标=同源泄漏检测 · 时间切分 · 基准过拟合
蛋白序列语言模型…基准陷阱
25
蛋白序列语言模型的伦理、安全与合规
目标=生物安全风险 · 双用途研究 · 序列筛选
蛋白序列语言模型…安全
26
蛋白序列语言模型实验管理与可复现工程
目标=实验跟踪 · 配置管理 · 随机种子控制
蛋白序列语言模型…可复现工程
27
蛋白序列语言模型的大规模训练基础设施
目标=GPU集群调度 · 数据并行/模型并行/流水线并行 · 通信优化与故障恢复
蛋白序列语言模型…GPU
28
蛋白序列语言模型的提示工程与少样本学习
目标=提示模板设计 · 上下文学习 · 零样本/少样本评估与提示优化实战
蛋白序列语言模型…少样本学习
29
蛋白序列语言模型与检索增强生成
目标=序列数据库检索 · 嵌入索引 · RAG管道构建与生成结果的事实性校验
蛋白序列语言模型检索增强生成
30
蛋白序列语言模型工程综合项目
目标=从需求定义 · 数据准备 · 模型训练
蛋白序列语言模型…目标=从需求定义