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蛋白配体体系构建与参数化工程

共计 30 章节
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01
课程导入与工程全景
目标=蛋白配体体系构建与参数化的核心… · 典型工作流 · 常见失败模式与课程项目说明
课程导入工程全景
02
蛋白结构获取与预处理
目标=从PDB/AlphaFold获… · 处理缺失残基 · 缺失原子
蛋白结构获取预处理
03
配体结构获取与标准化
目标=从PubChem/ChEMBL… · 处理盐型 · 互变异构
配体结构获取标准化
04
蛋白-配体复合物初始构建
目标=基于共晶结构 · 对接或实验结构的复合物组装 · 链选择
蛋白配体复合物初始构…
05
结合位点定义与体系边界
目标=活性口袋识别 · 关键残基判定 · 截断边界选择与远端区域简化原则
结合位点定义体系边界
06
力场选择与蛋白参数化
目标=AMBER/CHARMM/GR… · 蛋白拓扑生成 · 质子化态分配与力场兼容性检查
力场选择蛋白参数化
07
小分子力场与电荷方法
目标=GAFF/GAFF2/CGen… · RESP/AM1-BCC/CM5电荷…
小分子力场电荷方法
08
配体参数化实战
目标=使用Antechamber · ACPYPE · CGenFF
配体参数化实战Antechamber
09
金属离子与辅因子参数化
目标=金属位点建模 · 离子参数 · 非标准残基与有机辅因子的参数化策略
金属离子辅因子参数化
10
溶剂化与离子环境构建
目标=水模型选择 · 盒子尺寸 · 缓冲距离
溶剂化离子环境构建
11
拓扑与坐标一致性检查
目标=原子命名 · 残基编号 · 电荷总和
拓扑坐标一致性检查
12
能量最小化工程
目标=分阶段最小化策略 · 约束设置 · 收敛判据与常见报错处理
能量最小化工程目标=分阶段最小…
13
体系平衡与弛豫
目标=NVT/NPT平衡流程 · 温度与压力耦合 · 位置约束释放与密度收敛判断
体系平衡弛豫
14
生产模拟参数设置
目标=时间步长 · 积分器 · 截断方案
生产模拟参数设置目标=时间步长
15
蛋白配体相互作用分析
目标=氢键 · 盐桥 · 疏水接触
蛋白配体相互作用…目标=氢键
16
结合自由能计算入门
目标=MM/PBSA · MM/GBSA · LIE与热力学积分的基本假设与工程实…
结合自由能计算入…MM/PBSA
17
自由能微扰与热力学积分实战
目标=炼金术路径设计 · 软核势 · λ窗口设置与循环闭合评估
自由能微扰热力学积分实战
18
增强采样在蛋白配体体系中的应用
目标=伞形采样 · metadynamics · REMD与结合路径探索
增强采样蛋白配体体系
19
参数化验证与基准测试
目标=与实验结构 · 能量 · 动力学性质对比
参数化验证基准测试
20
配体参数化中的电荷与极化问题
目标=极化力场 · Drude模型 · 电荷转移与可极化配体处理
配体参数化电荷
21
共价配体体系构建与参数化
目标=共价键连接方式 · 反应态定义 · 连接原子参数与拓扑生成
共价配体体系构建参数化
22
多配体与多聚体体系
目标=多个配体 · 蛋白多聚体 · 别构位点与协同结合的参数化与构建
多配体多聚体体系
23
膜蛋白配体体系构建
目标=膜嵌入 · 脂质参数化 · 配体在膜环境中的定位与体系组装
膜蛋白配体体系构…目标=膜嵌入
24
核酸-蛋白-配体三元体系
目标=核酸参数化 · 蛋白-DNA/RNA界面 · 配体结合与体系整合
核酸蛋白
25
自动化工作流与脚本工程
目标=使用Python/Bash/S…
自动化工作流脚本工程
26
高性能计算与任务调度
目标=GPU加速 · 并行策略 · 作业提交
高性能计算任务调度
27
结果可重复性与数据管理
目标=目录结构 · 版本控制 · 参数文件归档
结果可重复性数据管理
28
常见错误诊断与调试
目标=原子重叠 · 参数缺失 · 能量爆炸
常见错误诊断调试
29
案例实战一
目标=激酶-抑制剂体系从结构获取到结…
案例实战一目标=激酶
30
案例实战二
目标=GPCR-配体体系构建 · 参数化 · 膜环境模拟与相互作用分析综合项目
案例实战二GPCR