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GROMACS分子动力学模拟工程

共计 30 章节
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01
GROMACS分子动力学模拟工程导论
目标=GROMACS在分子模拟工程中… · 核心能力 · 典型工作流与学习路径
GROMACS分子动力学模拟工…
02
模拟体系构建与文件准备
目标=拓扑文件 · 坐标文件 · 力场选择
模拟体系构建文件准备
03
力场与参数化工程
目标=常用力场（AMBER · CHARMM · OPLS
力场参数化工程
04
溶剂化与离子添加工程
目标=水模型选择 · 溶剂盒构建 · 离子中和与生理浓度添加
溶剂化离子添加工程
05
能量最小化实战
目标=最速下降法 · 共轭梯度法 · 收敛判据
能量最小化实战目标=最速下降法
06
NVT与NPT平衡模拟
目标=温度耦合 · 压力耦合 · 位置限制
NVTNPT
07
生产模拟运行与参数配置
目标=mdp文件关键参数 · 积分步长 · 输出频率
生产模拟运行参数配置
08
轨迹处理与可视化分析
目标=trjconv · trjcat · ngmx
轨迹处理可视化分析
09
温度、压力与能量分析
目标=gmx energy · 温度分布 · 压力波动
温度压力
10
径向分布函数与溶剂结构分析
目标=gmx rdf · 配位数 · 氢键分析
径向分布函数溶剂结构分析
11
均方根偏差与均方根涨落分析
目标=gmx rms · gmx rmsf · 结构稳定性
均方根偏差均方根涨落分析
12
回旋半径与聚集状态分析
目标=gmx gyrate · gmx cluster · 构象聚类
回旋半径聚集状态分析
13
氢键与二级结构分析
目标=gmx hbond · gmx do_dssp · 二级结构演化
氢键二级结构分析
14
自由能形貌与主成分分析
目标=gmx covar · gmx anaeig · gmx sham
自由能形貌主成分分析
15
结合自由能计算工程
目标=gmx mmgbsa · gmx bar · gmx freeenergy
结合自由能计算工…gmx
16
伞形采样与平均力势
目标=pull代码 · umbrella采样 · WHAM分析
伞形采样平均力势
17
副本交换与增强采样
目标=replica exchang… · 模拟退火 · 哈密顿量副本交换
副本交换增强采样
18
膜蛋白体系模拟工程
目标=膜构建 · 脂质力场 · 膜蛋白嵌入
膜蛋白体系模拟工…目标=膜构建
19
聚合物与软物质模拟
目标=聚合物拓扑生成 · 交联结构 · 玻璃化转变
聚合物软物质模拟
20
纳米材料与界面模拟
目标=石墨烯 · 碳纳米管 · 金属表面
纳米材料界面模拟
21
药物-蛋白复合物模拟
目标=配体参数化 · 对接构象准备 · 结合模式稳定性
药物蛋白复合物模拟
22
酶催化与反应模拟
目标=QM/MM接口 · 反应坐标 · 自由能面
酶催化反应模拟
23
多尺度模拟与粗粒化
目标=Martini力场 · 弹性网络模型 · 粗粒化到全原子反向映射与跨尺度衔接
多尺度模拟粗粒化
24
GROMACS并行计算与性能优化
目标=MPI/OpenMP混合并行 · GPU加速 · 域分解
GROMACS并行计算
25
模拟流程自动化与脚本工程
目标=bash/Python脚本 · 工作流管理 · 批量提交
模拟流程自动化脚本工程
26
模拟结果可重复性与验证
目标=随机种子 · 初始条件 · 力场版本
模拟结果可重复性验证
27
常见报错与故障排除
目标=LINCS警告 · 能量爆炸 · 原子重叠
常见报错故障排除
28
大规模体系模拟工程
目标=超大体系构建 · 内存管理 · I/O优化
大规模体系模拟工…目标=超大体系构…
29
GROMACS与其它工具集成
目标=与AMBER · CHARMM · NAMD
GROMACS其它工具集成
30
完整项目实战与成果展示
目标=从体系构建到论文级图表 · 模拟报告撰写 · 项目复现与工程化交付
完整项目实战成果展示