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分子动力学模拟方案设计与执行工程

共计 30 章节
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01
分子动力学模拟工程导论
目标=从科学问题到可执行方案的全流程… · 明确模拟目标 · 精度要求与资源约束的三角关系
分子动力学模拟工…目标=从科学问题…
02
体系建模与初始构型工程
目标=蛋白质 · 核酸 · 膜
体系建模初始构型工程
03
力场选择与参数化工程
目标=常用力场（AMBER · CHARMM · OPLS
力场选择参数化工程
04
拓扑文件与坐标文件生成实战
目标=使用GROMACS · AMBER · LAMMPS等工具完成拓扑构建
拓扑文件坐标文件生成实战
05
能量最小化方案设计
目标=最速下降 · 共轭梯度 · L-BFGS等算法的选择依据
能量最小化方案设…目标=最速下降
06
系综选择与温度压力控制工程
目标=NVE · NVT · NPT
系综选择温度压力控制工程
07
积分算法与时间步长设计
目标=Verlet · leap-frog · velocity-Verlet等积分…
积分算法时间步长设计
08
长程静电与截断方案工程
目标=PME · Ewald · 反应场
长程静电截断方案工程
09
平衡态模拟执行与收敛判据
目标=密度 · 能量 · 温度
平衡态模拟执行收敛判据
10
采样策略与增强采样方案设计
目标=副本交换 · 伞形采样 · 元动力学
采样策略增强采样方案设计
11
自由能计算工程
目标=热力学积分 · 自由能微扰 · Bennett接受率等方法的选择
自由能计算工程目标=热力学积分
12
轨迹分析与后处理工程
目标=RMSD · RMSF · 回旋半径
轨迹分析后处理工程
13
动力学性质计算与验证
目标=扩散系数 · 粘度 · 热导率
动力学性质计算验证
14
结合自由能与结合位点识别
目标=MM/PBSA · MM/GBSA · 自由能形貌图
结合自由能结合位点识别
15
膜蛋白与生物膜体系模拟专题
目标=膜嵌入 · 脂质参数化 · 膜曲率与厚度分析
膜蛋白生物膜体系模拟专…
16
核酸体系模拟专题
目标=DNA/RNA力场选择 · 离子环境设置 · 构象变化与药物小分子相互作用模拟
核酸体系模拟专题DNA/RNA
17
聚合物与软物质模拟专题
目标=粗粒化模型 · 链段动力学 · 玻璃化转变
聚合物软物质模拟专题
18
无机与纳米材料模拟专题
目标=金属 · 氧化物 · 二维材料
无机纳米材料模拟专题
19
多尺度模拟与耦合工程
目标=QM/MM · 粗粒化-全原子映射 · 连续介质与粒子模拟的耦合策略及数据传…
多尺度模拟耦合工程
20
高性能计算与并行执行工程
目标=GPU加速 · MPI并行 · 任务调度
高性能计算并行执行工程
21
模拟方案的可重复性与自动化
目标=输入脚本模板化 · 工作流引擎（Snakemake · Nextflow）
模拟方案的可重复…自动化
22
误差分析与统计不确定性量化
目标=块平均 · 自相关分析 · bootstrap
误差分析统计不确定性量化
23
模拟结果与实验数据对标
目标=X射线 · NMR · 冷冻电镜
模拟结果实验数据对标
24
药物发现中的分子动力学工程
目标=靶点准备 · 虚拟筛选后验证 · 耐药突变影响
药物发现分子动力学工程
25
材料设计中的分子动力学工程
目标=合金 · 电解质 · 电池界面
材料设计分子动力学工程
26
生物大分子构象变化与别构效应模拟
目标=增强采样结合马尔可夫状态模型揭…
生物大分子构象变…别构效应模拟
27
极端条件与反应性模拟
目标=高温高压 · 冲击 · 燃烧
极端条件反应性模拟
28
机器学习与分子动力学融合工程
目标=机器学习势函数 · 增强采样智能优化 · 自动特征提取与结果预测
机器学习分子动力学融合工…
29
模拟方案设计实战
目标=从课题需求到完整执行计划的撰写 · 包括目标分解 · 资源预算
模拟方案设计实战目标=从课题需求…
30
综合项目执行与成果交付
目标=完整模拟项目的实施 · 分析 · 报告撰写
综合项目执行成果交付