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药物虚拟筛选库构建与过滤工程

共计 30 章节
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01
虚拟筛选库工程导论
目标=虚拟筛选库的定义 · 在药物发现中的定位 · 构建与过滤工程的整体流程
虚拟筛选库工程导…目标=虚拟筛选库…
02
筛选库的数据来源与获取
目标=常用化合物数据库（ZINC · PubChem · ChEMBL
筛选库的数据来源获取
03
化合物数据标准化
目标=结构解析 · 去盐 · 去溶剂
化合物数据标准化目标=结构解析
04
分子表示与指纹计算
目标=SMILES · InChI · 分子图
分子表示指纹计算
05
库的初始过滤策略设计
目标=类药性规则 · PAINS过滤 · 毒性基团排除
库的初始过滤策略…目标=类药性规则
06
基于理化性质的过滤
目标=分子量 · logP · TPSA
基于理化性质的过…目标=分子量
07
ADMET相关过滤
目标=吸收 · 分布 · 代谢
ADMET相关过滤
08
多样性分析与子集选择
目标=相似性度量 · 聚类算法 · 多样性指标
多样性分析子集选择
09
骨架与官能团分析
目标=Murcko骨架 · 环系分析 · 官能团计数
骨架官能团分析
10
共价与非共价筛选库的差异化构建
目标=共价弹头类型 · 可逆共价抑制剂 · 非共价库设计原则
共价非共价筛选库的差…
11
靶向聚焦库构建
目标=基于靶点家族（激酶 · GPCR · 蛋白酶等）的配体相似性搜索
靶向聚焦库构建目标=基于靶点家…
12
基于片段的筛选库构建
目标=片段定义 · 片段库来源 · 类片段规则
基于片段的筛选库…目标=片段定义
13
天然产物库构建与过滤
目标=天然产物数据库 · 结构复杂性 · 类药性修正
天然产物库构建过滤
14
DNA编码库与虚拟筛选库的衔接
目标=DEL原理 · 编码策略 · 数据解析
DNA编码库
15
库的化学空间可视化与降维
目标=PCA · t-SNE · UMAP
库的化学空间可视…降维
16
库的存储与版本控制
目标=文件格式（SDF · SMILES · CSV）
库的存储版本控制
17
高通量过滤的计算工程
目标=并行计算 · 分布式处理 · 内存优化
高通量过滤的计算…目标=并行计算
18
过滤流程的自动化与脚本化
目标=RDKit · Open Babel · Python脚本
过滤流程的自动化脚本化
19
库的质量控制与验证
目标=重复结构检测 · 盐与溶剂残留 · 立体化学一致性
库的质量控制验证
20
对接前的库准备
目标=质子化 · 互变异构 · 构象生成
对接前的库准备目标=质子化
21
基于对接的虚拟筛选库过滤
目标=对接打分 · 结合模式分析 · 打分归一化
基于对接的虚拟筛…目标=对接打分
22
基于药效团的库过滤
目标=药效团模型构建 · 特征选择 · 排除体积
基于药效团的库过…目标=药效团模型…
23
机器学习在库过滤中的应用
目标=QSAR模型 · 分类器 · 回归模型
机器学习库过滤
24
库的迭代优化与反馈循环
目标=筛选结果分析 · 命中化合物聚类 · 构效关系探索
库的迭代优化反馈循环
25
针对特定靶点的库构建实战
目标=选择靶点 · 收集活性数据 · 构建初始库
针对特定靶点的库…目标=选择靶点
26
库构建中的知识产权与合规
目标=专利化合物检索 · 许可协议 · 数据隐私
库构建知识产权
27
大规模库的云平台部署
目标=AWS · GCP · Azure上的计算资源
大规模库的云平台…AWS
28
库过滤中的不确定性与假阳性控制
目标=统计显著性 · 富集因子 · ROC曲线
库过滤不确定性
29
案例研究
目标=成功虚拟筛选库构建与过滤项目剖… · 关键决策点 · 经验教训
案例研究目标=成功虚拟筛…
30
未来趋势与持续学习
目标=超大规模库 · AI生成分子 · 量子计算
未来趋势持续学习