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OMOP队列构建与分析工程

共计 30 章节
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01
OMOP CDM 与队列工程导论
目标=OMOP CDM 的演进 · 队列构建在真实世界证据中的位置 · 课程工程环境与数据准备
OMOPCDM
02
OMOP CDM 核心表结构精讲
目标=PERSON · OBSERVATION_PERIOD · VISIT_OCCURRENCE
OMOPCDM
03
标准词汇表与概念映射
目标=SNOMED · LOINC · RxNorm
标准词汇表概念映射
04
队列定义的基本要素
目标=目标人群 · 索引事件 · 纳入排除标准
队列定义的基本要…目标=目标人群
05
基于 OHDSI 工具链的队列构建
目标=ATLAS · CIRCE · CAPR
OHDSI基于
06
队列 SQL 的生成与审查
目标=从 CIRCE 到可执行 SQ… · 跨数据库方言转换 · SQL 性能与可读性审查
SQL队列
07
索引事件与时间锚点工程
目标=首次发生 · 任意发生 · 第 N 次发生的实现方式
索引事件时间锚点工程
08
纳入排除标准的工程实现
目标=人口学 · 既往史 · 用药史
纳入排除标准的工…目标=人口学
09
观察窗与随访期设计
目标=washout 期 · 基线期 · 随访期
观察窗随访期设计
10
队列构建中的时间逻辑
目标=时间区间重叠 · 先后顺序 · 持续暴露
队列构建时间逻辑
11
基于测量值的队列筛选
目标=MEASUREMENT 与 O… · 单位 · 参考范围标准化与阈值筛选
基于测量值的队列…MEASUREMENT
12
药物暴露队列构建
目标=DRUG_EXPOSURE 的… · 天数 · 供应量
药物暴露队列构建DRUG
13
多表联合的复杂队列
目标=将条件 · 药物 · 测量
多表联合的复杂队…目标=将条件
14
队列版本管理与可复现性
目标=队列定义版本化 · 参数化 · 代码仓库组织与运行日志记录
队列版本管理可复现性
15
队列质量检查与验证
目标=队列计数 · 发生率 · 时间分布
队列质量检查验证
16
队列构建中的偏倚识别
目标=选择偏倚 · immortal time bias · 时间窗偏倚在队列设计中的预防与检测
队列构建偏倚识别
17
从队列到分析数据集
目标=特征提取 · 协变量构建 · 时间依赖协变量与基线表生成
从队列到分析数据…目标=特征提取
18
队列描述性分析
目标=发病率 · 患病率 · 人口学分布
队列描述性分析目标=发病率
19
队列比较与倾向性评分
目标=PS 匹配 · IPTW · 协变量平衡诊断与在 OMOP 队列上…
队列比较倾向性评分
20
生存分析与时间到事件建模
目标=Kaplan-Meier · Cox 模型 · 竞争风险在 OMOP 队列中的工程实…
生存分析时间到事件建模
21
自我对照与病例交叉设计
目标=SCCS · case-crossover 在 O…
自我对照病例交叉设计
22
负对照与校准
目标=负对照结局 · 负对照暴露的选择 · 经验校准与队列研究中的偏倚校正
负对照校准
23
分布式网络中的队列执行
目标=OHDSI 网络研究 · CDM 实例差异 · 本地执行与结果汇总的工程流程
分布式网络队列执行
24
队列性能优化
目标=大表连接策略 · 索引与分区 · 增量构建
队列性能优化目标=大表连接策…
25
队列自动化与流水线
目标=从队列定义到分析报告的自动化编… · 调度 · 监控与错误处理
队列自动化流水线
26
队列结果的可视化与报告
目标=ATLAS 结果查看 · Shiny 应用 · 交互式仪表板与可共享报告生成
队列结果的可视化报告
27
真实世界案例一
目标=2 型糖尿病合并心血管疾病患者…
真实世界案例一目标=2
28
真实世界案例二
目标=肿瘤免疫治疗队列构建 · 免疫相关不良事件监测与生存分析
真实世界案例二目标=肿瘤免疫治…
29
真实世界案例三
目标=多中心 COVID-19 住院… · 风险因素分析与负对照校准
真实世界案例三COVID-19
30
课程综合实战与工程复盘
目标=完整队列工程项目从需求到交付 · 代码审查 · 文档撰写与成果展示
课程综合实战工程复盘