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OMOP临床数据映射与转换工程

共计 30 章节

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OMOP CDM 全景与映射工程定位

目标=CDM 版本演进 · 核心表域 · 映射工程在真实世界证据生产中的位置

源数据剖析与映射可行性评估

目标=电子病历 · 医保 · 登记队列等源系统结构探查

源数据剖析映射可行性评估

OMOP 词表体系与标准概念选择

目标=SNOMED · LOINC · RxNorm

OMOP词表体系

PERSON 与人口学信息映射

目标=患者标识 · 出生日期 · 性别

PERSON人口学信息映射

VISIT_OCCURRENCE 与就诊事件映射

目标=门诊 · 住院 · 急诊等就诊类型识别

VISITOCCURRENCE

VISIT_DETAIL 与就诊细分映射

目标=科室 · 病区 · 护理单元

CONDITION_OCCURRENCE 与诊断映射

目标=诊断编码到 SNOMED 标准… · 主诊断与次诊断处理 · 发病与确诊时间区分

CONDITIONOCCURRENCE

DRUG_EXPOSURE 与用药映射

目标=药品编码到 RxNorm 映射 · 处方与医嘱转换 · 用药剂量

PROCEDURE_OCCURRENCE 与操作映射

目标=手术 · 检查 · 治疗操作到 SNOMED 或 CPT…

PROCEDUREOCCURRENCE

MEASUREMENT 与检验检查结果映射

目标=检验项目到 LOINC 映射 · 结果值 · 单位

MEASUREMENT检验检查结果映射

OBSERVATION 与临床观察映射

目标=生命体征 · 症状 · 评分量表

OBSERVATION临床观察映射

DEVICE_EXPOSURE 与医疗器械映射

目标=植入物 · 导管 · 呼吸机等设备使用记录到标准设备概念的…

SPECIMEN 与生物样本映射

目标=样本采集 · 类型 · 处理

SPECIMEN生物样本映射

NOTE 与临床文本映射

目标=自由文本病历 · 报告 · 护理记录到 NOTE 表的映射

NOTE临床文本映射

NOTE_NLP 与文本后结构化

目标=从临床文本抽取实体 · 否定 · 家族史

OBSERVATION_PERIOD 与连续观察期构建

目标=参保 · 随访 · 注册等覆盖时间段计算

OBSERVATIONPERIOD

DRUG_ERA 与用药时代构建

目标=基于 DRUG_EXPOSUR… · 重叠用药合并 · 剂量调整与停药规则

DOSE_ERA 与剂量时代构建

目标=基于成分与日剂量生成剂量时代 · 剂量变化识别 · 单位换算与异常值处理

CONDITION_ERA 与疾病时代构建

目标=基于 CONDITION_OC… · 复发与持续判定 · 跨就诊合并规则

COST 与费用域映射

目标=收费 · 支付 · 自付

COST费用域映射

PAYER_PLAN_PERIOD 与支付计划映射

目标=保险计划 · 支付方 · 参保起止时间映射

PROVIDER 与 CARE_SITE 映射

目标=医生 · 护士 · 机构

LOCATION 与地理信息映射

目标=地址 · 邮编 · 城市

LOCATION地理信息映射

CDM_SOURCE 与元数据管理

目标=数据源描述 · 版本 · 词汇版本

映射规则库与 ETL 规范设计

目标=映射文档模板 · 字段级规则 · 转换逻辑

ETL映射规则库

ETL 工具链与工程实现

目标=SQL · Python · dbt

数据质量检查与 OMOP 校验

目标=ACHILLES · DQD · OMOP CDM 校验规则

OMOP数据质量检查

映射验证与源数据比对

目标=源数据与 CDM 记录数 · 事件时间 · 编码分布比对

映射验证源数据比对

真实项目实战

目标=从源数据到 OMOP CDM… · 映射设计 · ETL 开发

真实项目实战OMOP

OMOP 映射工程进阶与生态

目标=多源数据融合 · OMOP 网络研究 · OHDSI 工具链

OMOP映射工程进阶