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本课程属于：004-多组学整合与生物标志物工程 生命科学与数字医疗 · 共 12 门相关课程，组合学习更完整。
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临床多组学数据整合工程

共计 30 章节
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01
临床多组学数据整合工程导论
目标=明确课程定位 · 核心对象（基因组 · 转录组
临床多组学数据整…目标=明确课程定…
02
临床多组学数据来源与伦理合规
目标=掌握医院信息系统 · 测序平台 · 质谱平台等数据来源
临床多组学数据来…伦理合规
03
临床样本采集与前处理工程
目标=针对血液 · 组织 · 尿液等临床样本
临床样本采集前处理工程
04
高通量测序数据生成与质控
目标=理解WGS · WES · RNA-seq等测序原理与临床适用场…
高通量测序数据生…质控
05
质谱蛋白质组与代谢组数据生成
目标=学习LC-MS/MS · MALDI-TOF等临床蛋白组与代谢… · 掌握峰识别
质谱蛋白质组代谢组数据生成
06
临床多组学数据标准化与元数据管理
目标=学习CDISC · OMOP · FHIR等临床数据标准
临床多组学数据标…元数据管理
07
多组学数据清洗与缺失值处理
目标=针对临床数据中的批次效应 · 离群值 · 缺失值
多组学数据清洗缺失值处理
08
多组学数据归一化与批次校正
目标=掌握分位数归一化 · TMM · RUV
多组学数据归一化批次校正
09
临床表型数据与组学数据对齐
目标=学习患者ID映射 · 时间轴对齐 · 纵向数据整合
临床表型数据组学数据对齐
10
多组学数据存储与数据库工程
目标=设计关系型与NoSQL数据库 · 数据湖 · 云存储方案
多组学数据存储数据库工程
11
多组学数据计算环境与可重复性
目标=掌握Docker · Singularity · Conda
多组学数据计算环…可重复性
12
基因组变异数据整合与临床解读
目标=学习VCF处理 · ANNOVAR · VEP注释
基因组变异数据整…临床解读
13
转录组表达数据整合与差异分析
目标=掌握DESeq2 · edgeR · limma等差异表达方法
转录组表达数据整…差异分析
14
蛋白质组与磷酸化蛋白质组数据整合
目标=学习蛋白定量 · 差异蛋白分析 · 激酶活性推断
蛋白质组磷酸化蛋白质组数…
15
代谢组数据整合与通路分析
目标=掌握代谢物注释 · 差异代谢物筛选 · MetaboAnalyst通路分析
代谢组数据整合通路分析
16
微生物组数据整合与临床关联
目标=学习16S/宏基因组数据处理 · 多样性分析 · LEfSe差异物种识别
微生物组数据整合临床关联
17
表观遗传组数据整合
目标=掌握DNA甲基化芯片与WGBS… · 差异甲基化区域分析 · 整合临床表观遗传数据识别疾病标志物
表观遗传组数据整…DNA
18
单细胞多组学数据整合入门
目标=学习scRNA-seq · scATAC-seq数据预处理 · 降维聚类
单细胞多组学数据…scRNA-seq
19
多组学数据融合策略
目标=水平整合与垂直整合 · intermediate · late融合策略
多组学数据融合策…目标=水平整合
20
基于多组学数据的疾病亚型发现
目标=使用共识聚类 · NMF · iClusterPlus等方法
基于多组学数据的…目标=使用共识聚…
21
多组学生物标志物筛选与验证
目标=学习特征选择 · LASSO · 随机森林
多组学生物标志物…验证
22
多组学预测模型构建与评估
目标=掌握逻辑回归 · SVM · XGBoost
多组学预测模型构…评估
23
多组学数据与临床风险因素整合建模
目标=将组学特征与年龄 · 分期 · 合并症等临床变量结合
多组学数据临床风险因素整合…
24
多组学通路与网络分析
目标=学习GSEA · GSVA · WGCNA
多组学通路网络分析
25
多组学数据可视化与临床报告
目标=掌握ggplot2 · ComplexHeatmap · Circos
多组学数据可视化临床报告
26
临床多组学数据整合中的统计陷阱与功效分析
目标=讨论多重检验 · 过拟合 · 批次混杂
临床多组学数据整…统计陷阱
27
多组学数据整合流程的自动化与版本控制
目标=使用Git · DVC · Nextflow Tower等工具
多组学数据整合流…版本控制
28
临床多组学数据共享与隐私保护计算
目标=学习GA4GH · Beacon · 联邦学习
临床多组学数据共…隐私保护计算
29
真实临床多组学整合项目实战
目标=以肿瘤或复杂疾病队列为例 · 完成从数据获取 · 清洗
真实临床多组学整…目标=以肿瘤或复…
30
临床多组学整合工程的前沿与职业发展
目标=探讨空间多组学 · 单细胞多组学 · AI大模型在临床整合中的应用
临床多组学整合工…职业发展