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DIABLO多组学联合统计建模教程

共计 30 章节
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01
多组学整合概述与DIABLO方法简介
背景 · 意义及DIABLO在组学整合中的定位
DIABLO多组学整合概述
02
DIABLO理论基础
稀疏广义典型相关分析（sgCCA）原…
DIABLO理论基础
03
多组学数据类型与常见格式
转录组 · 蛋白组 · 代谢组等数据的读取与整理
多组学数据类型常见格式
04
数据预处理
归一化 · 标准化 · log2转换及数据质量控制
数据预处理归一化
05
缺失值处理策略
KNN插补 · SVD插补 · 去除高缺失率特征
缺失值处理策略KNN
06
特征筛选方法
方差过滤 · 单变量筛选 · 基于DIABLO的稀疏选择
特征筛选方法方差过滤
07
mixOmics包安装与DIABLO函数介绍
安装 · 加载及核心函数`block.spls…
mixOmicsDIABLO
08
构建DIABLO模型
数据输入格式 · 分块设计矩阵（design matr…
DIABLO构建
09
关键参数ncomp
如何选择主成分个数 · 交叉验证与解释方差权衡
ncomp关键参数
10
关键参数keepX
每个组学保留的特征数 · 稀疏化调优策略
keepX关键参数
11
设计矩阵的参数化
从无监督到有监督 · 组学间关系的先验知识
设计矩阵的参数化从无监督到有监督
12
模型训练与收敛监测
算法迭代过程 · 收敛标准 · 常见收敛问题
模型训练收敛监测
13
模型评估
交叉验证（perf函数） · 准确率 · ROC曲线与AUC
模型评估perf
14
结果解释
载荷向量（loadings）的生物学…
结果解释loadings
15
变量重要性投影（VIP）分数计算与阈值选择。
变量重要性投影（VIP）分数计算与阈值选… · 核心概念 · 实践要点
VIP变量重要性投影
16
样本投影与潜在变量空间
样本得分图 · 组别区分度可视化
样本投影变量空间
17
多组学共同特征筛选
基于DIABLO的consensus…
多组学共同特征筛…DIABLO
18
样本聚类与亚型发现
结合DIABLO得分进行层次聚类或k…
样本聚类亚型发现
19
差异分析整合
DIABLO结果与单组学差异检验的联…
差异分析整合DIABLO
20
可视化（一）
相关圆图（Correlation C…
可视化Correlation
21
可视化（二）
样本得分图（Scatter Plot…
可视化Scatter
22
可视化（三）
热图（Heatmap）展示交叉载荷或…
可视化Heatmap
23
可视化（四）
网络图（Network Plot）揭…
可视化Network
24
实战案例1
转录组+蛋白组整合分析——从数据加载…
实战案例1转录组+蛋白组整…
25
实战案例2
转录组+代谢组整合分析——代谢通路与…
实战案例2转录组+代谢组整…
26
实战案例3
三组学联合分析——转录组 · 蛋白组 · 代谢组的DIABLO应用
实战案例3三组学联合分析
27
模型比较
DIABLO vs sPLS-DA… · 优缺点与选型建议
模型比较DIABLO
28
参数调优自动化
网格搜索 · 贝叶斯优化 · 并行计算加速
参数调优自动化网格搜索
29
生物学解读
从统计显著到功能富集 · 将结果转化为可验证假说
生物学解读从统计显著到功能…
30
课程总结与延伸
DIABLO的局限性 · 最新进展及推荐学习资源
课程总结延伸