4. Linux基础与命令行操作

做RNA-seq分析的，几乎绕不开Linux服务器。不管你是用本地集群，还是租云服务器，都得跟命令行打交道。说实话，我第一次接触Linux时也觉得“这界面也太丑了”，但用顺手之后，你会发现命令行比图形界面高效得多。这一章，我就带你走一遍最核心的部分，保证不堆砌无关命令。

4.1 文件系统：记住这三个关键目录就够了

Linux的目录结构是一个倒挂的树，根是 /。你不需要背所有目录，但下面这几个天天见面：

• /home/你的用户名 — 家目录，简称 ~。你下载的测序数据、脚本、分析结果，基本都放这里。
• /tmp — 临时存储，重启就清空。我习惯把大的中间文件扔这里，跑完就删，省得占磁盘。
• /data 或 /project — 有些服务器会有专门的共享存储区，放参考基因组、公共数据库。

路径分绝对路径（从 / 开始）和相对路径（相对当前目录）。举个例子：

# 绝对路径
cd /home/lihua/rnaseq_project

# 相对路径（假设当前已经在 /home/lihua）
cd rnaseq_project

4.2 常用命令：我每天敲得最多的就是这些

RNA-seq分析中，你不会用到所有Linux命令，但下面这张表里的命令，几乎每步都要用。我把它们按场景分好了：

场景	命令	典型用途
浏览文件	ls -lh tree -L 2	看目录结构，确认文件大小
移动/复制	cp -r mv rsync -av	备份原始fastq，重命名输出文件
查看内容	head -n 20 less -S	快速预览fastq、counts表格
搜索过滤	grep -c ">" awk '{print $1}'	统计序列条数，提取某列
系统信息	df -h free -h nproc	检查磁盘、内存、CPU核心数
任务管理	nohup command & htop	后台跑pipeline，监控资源

我特别想强调一个命令：less -S。RNA-seq输出的counts矩阵经常很宽，普通 less 会把行折叠，加上 -S 就不会，左右箭头可以横向滚动。这个参数我几乎天天用。

4.3 权限管理：别让权限卡住分析流程

RNA-seq分析经常需要多人协作，权限设置不对，你会发现 Permission denied 满天飞。理解下面三个东西就够了：

• 读(r=4)：可以 cat 文件，ls 目录。
• 写(w=2)：可以编辑文件，在目录里创建/删除文件。
• 执行(x=1)：可以运行脚本，cd 进入目录。

数字模式最常用，比如 chmod 755 script.sh 表示自己可读写执行，组和他人只能读和执行。我一般这样设置：

# 自己写的Python/R脚本
chmod 750 run_analysis.py
# 共享给组员的配置文件
chmod 640 config.yaml
# 别人也需要运行的二进制工具
chmod 755 tools/salmon

另外，用 umask 0022 可以设默认新建文件的权限。我习惯在自己服务器里设成 0002，这样组员也能写。

4.4 远程服务器连接：SSH才是命根子

你的笔记本电脑不可能扛着几T的fastq运行STAR，真正干活的是远程服务器。SSH是你跟服务器之间的唯一通道。

基本连接命令：

ssh lihua@192.168.1.100

但每次都输密码太麻烦。我强烈建议你配置密钥认证，三步搞定：

1. 本地生成密钥对（如果还没有的话）。
2. 把公钥拷贝到服务器。
3. 以后登录就不用密码了。

# 本地执行
ssh-keygen -t ed25519 -C "your_email@example.com"
# 一路回车，不要设密钥密码（除非你特别在意安全）

# 复制公钥到服务器
ssh-copy-id lihua@192.168.1.100

你还应该配置 ~/.ssh/config，省得每次都打一长串IP。举个例子：

Host cluster
    HostName 192.168.1.100
    User lihua
    Port 22
    IdentityFile ~/.ssh/id_ed25519

然后你只需 ssh cluster 就能连上去。我自己的配置文件里写了好几个主机别名，不同服务器对应不同密钥和端口，用起来很方便。

4.5 本章知识体系速览

下面这张SVG图把Linux基础操作的核心关系串了起来，左边是文件系统结构，右边是命令+权限+远程连接，也就是我们这章的三个实战模块。