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本课程属于：002-转录组分析与质量治理工程 生命科学与数字医疗 · 共 10 门相关课程，组合学习更完整。
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零基础搭建RNA-seq差异分析Pipeline指南

共计 30 章节
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01
课程导论与RNA-seq基础
RNA-seq技术原理 · 应用场景 · 分析流程概览
RNA-seq课程导论
02
实验设计与样本准备
生物学重复 · 测序深度 · 文库类型选择
实验设计样本准备
03
高通量测序数据格式基础
FASTA · FASTQ · GFF/GTF格式详解
高通量测序数据格…FASTA
04
Linux基础与命令行操作
文件系统 · 常用命令 · 权限管理
Linux命令行操作
05
生信软件安装与包管理
conda环境配置 · 安装常用工具 · 环境管理
生信软件安装包管理
06
数据下载与SRA工具
SRA数据库介绍 · fastq-dump · prefetch使用
SRA数据下载
07
FastQC质量评估
生成质量报告 · 解读各项指标 · 常见问题诊断
FastQC质量评估
08
Trimmomatic数据清洗
去除接头 · 低质量碱基 · 滑动窗口修剪
Trimmomatic数据清洗
09
参考基因组获取与索引构建
Ensembl/Gencode下载 · hisat2-build · STAR索引
参考基因组获取索引构建
10
HISAT2比对
比对参数设置 · 输出SAM/BAM文件 · 比对率评估
HISAT2比对
11
STAR比对
两轮比对原理 · 速度与精度调优 · 多线程使用
STAR比对
12
samtools处理BAM文件
排序 · 索引 · 查看
samtoolsBAM
13
featureCounts定量
针对外显子/基因的计数 · 多映射处理
featureCount…定量
14
htseq-count定量
非重叠计数模式 · 与featureCounts对比
htseq-count定量
15
表达矩阵生成与归一化
TPM · FPKM · RPKM计算与选择
表达矩阵生成归一化
16
R语言基础与RStudio
变量 · 向量 · 数据框
RStudioR语言基础
17
DESeq2差异表达分析
构建dds对象 · 差异检验 · 结果提取
DESeq2差异表达分析
18
edgeR差异表达分析
DGEList构建 · 趋势估计 · 准似然检验
edgeR差异表达分析
19
limma-voom差异分析
voom转换 · 线性模型 · 经验贝叶斯
limma-voom差异分析
20
结果可视化
火山图 · MA图 · p-value分布图绘制
结果可视化火山图
21
热图与聚类分析
pheatmap绘制差异基因热图 · 层次聚类
热图聚类分析
22
GO富集分析
clusterProfiler运行G… · GO柱状图 · 网络图
GO富集分析
23
KEGG通路富集分析
KEGG数据库 · enrichKEGG使用 · 通路图可视化
KEGG通路富集分析
24
GSEA基因集富集分析
运行GSEA · 排序列表 · 富集分数计算
GSEA基因集富集分析
25
多组比较与批次效应校正
设计矩阵 · 对比矩阵 · ComBat去批次
多组比较批次效应校正
26
重复样本与统计检验
生物学重复的必要性 · 多重假设检验校正
重复样本统计检验
27
自动化流程构建
Snakemake入门 · 编写规则 · 运行与调试
自动化流程构建Snakemake
28
结果报告与论文图表生成
ggplot2美化图表 · 输出高分辨率图片
结果报告论文图表生成
29
常见问题与调试技巧
内存不足 · 比对率低 · 假阳性处理
常见问题调试技巧
30
项目实战
完整Pipeline演练
项目实战Pipeline