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特征筛选在MRM中的实践应用

共计 30 章节
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01
MRM技术原理
多反应监测（MRM）的基本概念 · QqQ质谱仪工作原理 · MRM与SRM的区别
MRM技术原理
02
MRM数据特点
MRM数据的维度 · 噪声水平 · 缺失值模式
MRM数据特点
03
特征筛选概述
特征筛选在MRM数据分析中的重要性 · 筛选目标（降维 · 去噪
特征筛选概述MRM
04
数据预处理
缺失值处理（删除 · 填充 · KNN插补）
数据预处理缺失值处理
05
数据质量控制
内标归一化 · QC样本的RSD筛选 · 保留时间对齐
数据质量控制内标归一化
06
单变量筛选方法
t检验 · Wilcoxon秩和检验 · ANOVA
单变量筛选方法t检验
07
多变量筛选方法
主成分分析（PCA）载荷图筛选 · 偏最小二乘判别分析（PLS-DA）的…
多变量筛选方法PCA
08
基于模型的特征筛选
随机森林特征重要性 · XGBoost特征重要性 · 逻辑回归系数筛选
基于模型的特征筛…随机森林特征重要…
09
相关性分析筛选
Pearson相关系数 · Spearman秩相关系数 · 互信息（Mutual Informa…
相关性分析筛选Pearson
10
LASSO回归筛选
L1正则化原理 · LASSO在MRM特征选择中的应用 · 调参策略（交叉验证）
LASSO回归筛选
11
递归特征消除（RFE）
RFE算法原理 · 基于SVM的RFE · 基于随机森林的RFE
RFE递归特征消除
12
Boruta算法
Boruta算法原理 · 与随机森林的结合 · 在MRM数据上的实践
Boruta算法
13
稳定性选择（Stability Selection）
子采样与特征频率统计 · 阈值设定 · 在MRM中的应用
StabilitySelection
14
特征筛选流程设计
从单变量到多变量的逐步筛选策略 · 交叉验证与过拟合控制
特征筛选流程设计从单变量到多变量…
15
MRM特征筛选实战（一）
使用Python的scikit-le…
MRM特征筛选实战
16
MRM特征筛选实战（二）
使用Python的BorutaPy进…
MRM特征筛选实战
17
MRM特征筛选实战（三）
使用Python的RFECV进行递归…
MRM特征筛选实战
18
MRM特征筛选实战（四）
使用Python的LassoCV进行…
MRM特征筛选实战
19
特征筛选结果评估
混淆矩阵 · ROC曲线 · AUC值
特征筛选结果评估混淆矩阵
20
特征稳定性评估
Bootstrap重采样评估特征重要… · Jaccard相似系数
特征稳定性评估Bootstrap
21
多组学整合中的特征筛选
MRM特征与转录组 · 蛋白组特征的联合筛选策略
多组学整合特征筛选
22
时间序列MRM数据的特征筛选
动态时间规整（DTW） · 趋势特征提取
MRM时间序列
23
高维MRM数据的挑战
维度灾难 · 多重假设检验校正（FDR · Bonferroni）
MRM高维
24
特征筛选的可解释性
SHAP值 · LIME · 特征重要性可视化
特征筛选的可解释…SHAP
25
特征筛选与模型构建
筛选后的特征用于分类 · 回归 · 聚类模型
特征筛选模型构建
26
特征筛选的生物学验证
通路富集分析 · 文献验证 · 实验验证
特征筛选的生物学…通路富集分析
27
自动化特征筛选管道
构建可复用的Snakemake/Ne… · 参数配置
自动化特征筛选管…Snakemake/Ne
28
常见陷阱与最佳实践
数据泄露 · 过拟合 · 特征冗余
常见陷阱最佳实践
29
案例研究（一）
基于MRM的肺癌生物标志物发现中的特…
案例研究MRM
30
案例研究（二）
基于MRM的代谢疾病分型中的特征筛选…
案例研究MRM