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高通量DNA构建设计与自动化工程

共计 30 章节

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高通量DNA构建的工程化全景

目标=从设计需求到自动化产线的全流程… · 明确本课程以DNA构建为核心对象 · 界定通量

DNA构建的生物学基础与工程约束

目标=限制性内切酶 · 连接酶 · 聚合酶

DNA构建的生物学基础

高通量DNA构建的序列设计原则

目标=密码子优化 · 重复序列规避 · GC含量调控

DNA片段来源与制备策略

目标=化学合成寡核苷酸池 · PCR扩增 · 基因组提取与酶切片段

DNA片段来源

寡核苷酸池的定量与均一化

目标=高通量浓度检测方法 · 归一化算法 · 池内偏差校正

寡核苷酸池的定量均一化

高通量DNA组装化学原理

目标=Gibson组装 · Golden Gate · T4连接

面向自动化的DNA组装设计算法

目标=接头设计 · 片段重叠区计算 · 酶切位点排布

DNA面向自动化的

高通量DNA构建的载体系统设计

目标=表达载体 · 克隆载体 · 供体载体与受体载体的功能元件标准化

DNA构建中的条形码与追踪系统

目标=分子条形码设计 · 索引序列分配 · 构建谱系追踪

高通量DNA构建的自动化硬件平台

目标=液体处理工作站 · 微流控芯片 · 声波移液与纳升级分液系统的原理

自动化工作站上的DNA组装流程开发

目标=从手工协议到自动化脚本的转化方… · 包括试剂分装 · 温控步骤

DNA自动化工作站上的

高通量DNA构建的实验板布局与调度

目标=384/1536孔板设计 · 试剂共享策略 · 批次规划与设备调度算法

DNA构建中的错误检测与质量控制

目标=测序验证 · 毛细管电泳 · 熔解曲线

高通量测序在DNA构建验证中的应用

目标=短读长与长读长测序平台的选择 · 数据量估算 · 比对算法与变异识别

DNA高通量测序

DNA构建错误的溯源与纠正

目标=错误类型分类 · 错误率定量 · 常见错误来源（合成

DNA构建错误的溯源

高通量DNA构建中的污染控制

目标=气溶胶污染 · 交叉污染 · 残留DNA清除

DNA构建的标准化与模块化

目标=BioBrick · BglBrick · MoClo

DNA构建的标准化

大规模DNA构建的数据管理

目标=样本元数据 · 构建谱系 · 实验条件

DNA构建的实验室信息管理系统与工作流引擎

目标=从设计文件到设备指令的自动化数… · 包括API集成 · 任务队列与异常处理机制

DNA构建的实验室信息…

高通量DNA构建的成本建模与优化

目标=试剂 · 耗材 · 设备折旧

面向基因组编辑的DNA构建

目标=供体模板 · 同源臂设计 · sgRNA表达盒构建

DNA面向基因组编辑的

高通量DNA构建在合成基因组学中的应用

目标=最小基因组 · 基因组缩减 · 密码子重编码与全基因组替换中的构建策…

高通量DNA构建在蛋白质工程中的应用

目标=突变体文库构建 · 定向进化 · 组合突变与自动化克隆

高通量DNA构建在代谢工程中的应用

目标=多基因通路组装 · 启动子-基因组合文库 · 途径优化与自动化构建-测试-学习循环

DNA构建的微流控与芯片化技术

目标=微滴 · 微腔 · 数字微流控在DNA组装

DNA构建的微流控

DNA构建的自动化克隆挑选与复制

目标=菌落挑选机器人 · 液体处理复制 · 甘油管制备与自动化存储系统

DNA构建的自动化克隆…

高通量DNA构建的放大与生产化

目标=从实验室规模到中试规模的工艺放… · 批次一致性 · 质量体系与法规考量

DNA构建的机器学习辅助设计

目标=序列-组装效率预测 · 错误率建模 · 实验条件推荐与主动学习在构建优化中的…

DNA构建的机器学习辅…

高通量DNA构建的实战项目

目标=设计并自动化构建一个包含50个… · 完成从序列设计 · 寡核苷酸订购

高通量DNA构建的前沿与未来方向

目标=酶法DNA合成 · 体内组装 · 无细胞系统