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机器可读实验协议工程

共计 30 章节
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01
课程导入与领域界定
目标=机器可读实验协议的定义 · 与自然语言协议的区别 · 工程化目标
课程导入领域界定
02
实验协议的结构化建模
目标=从实验目的 · 材料 · 设备
实验协议的结构化…目标=从实验目的
03
机器可读协议的核心元数据
目标=标识符 · 版本 · 作者
机器可读协议的核…目标=标识符
04
协议描述语言概览
目标=JSON · YAML · XML
协议描述语言概览JSON
05
基于 JSON Schema 的协议结构约束
目标=定义必填字段 · 数据类型 · 枚举值
JSONSchema
06
实验步骤的原子化与序列化
目标=操作单元拆分 · 前置条件 · 后置条件
实验步骤的原子化序列化
07
参数化与变量系统
目标=输入参数 · 环境变量 · 计算派生量
参数化变量系统
08
材料与试剂的结构化描述
目标=化学品标识 · 浓度 · 单位
材料试剂的结构化描述
09
设备与仪器接口建模
目标=设备能力描述 · 命令集 · 状态反馈
设备仪器接口建模
10
时间与调度语义
目标=绝对时间 · 相对时间 · 持续时间
时间调度语义
11
单位与量纲的机器可读处理
目标=UCUM · QUDT 等标准 · 单位换算
单位量纲的机器可读处…
12
协议中的条件逻辑与决策规则
目标=if-then-else · 断言 · 阈值判断
协议条件逻辑
13
实验数据与协议的关联建模
目标=数据采集点 · 输出变量 · 文件格式
实验数据协议的关联建模
14
协议版本控制与变更管理
目标=语义化版本 · 差异比较 · 向后兼容性
协议版本控制变更管理
15
协议模板与可复用组件
目标=模块化设计 · 继承 · 组合
协议模板可复用组件
16
协议验证与静态检查
目标=模式校验 · 语义约束 · 依赖完整性
协议验证静态检查
17
协议仿真与干运行
目标=基于状态机的执行模拟 · 资源冲突预判 · 时间估算与错误路径测试
协议仿真干运行
18
协议执行引擎与运行时
目标=解释器架构 · 任务调度 · 设备驱动适配
协议执行引擎运行时
19
从自然语言协议到机器可读协议的转换
目标=信息抽取 · 人工标注 · 半自动转换流程与质量评估
从自然语言协议到…目标=信息抽取
20
协议与实验室信息管理系统的集成
目标=LIMS · ELN · SiLA
协议实验室信息管理系…
21
协议的可视化与交互编辑
目标=图形化建模 · 表单驱动编辑 · 实时校验与用户反馈设计
协议的可视化交互编辑
22
协议仓库与发现机制
目标=注册中心 · 元数据检索 · 语义查询
协议仓库发现机制
23
安全、伦理与合规编码
目标=生物安全等级 · 危险品处理 · 知情同意
安全伦理
24
协议的可重复性与互操作性评估
目标=FAIR 原则 · RO-Crate · PROV 本体
协议的可重复性互操作性评估
25
真实案例
目标=分子生物学 PCR 协议的机器… · 验证 · 执行与数据回传
真实案例PCR
26
真实案例
目标=化学合成协议的机器可读化与自动…
真实案例目标=化学合成协…
27
真实案例
目标=材料科学实验协议的多设备协同与…
真实案例目标=材料科学实…
28
真实案例
目标=分析检测协议的质量控制与异常处…
真实案例目标=分析检测协…
29
工程化项目实战
目标=设计并实现一个领域专用的机器可… · 验证器与执行原型
工程化项目实战目标=设计并实现…
30
前沿与展望
目标=AI 辅助协议生成 · 自适应实验 · 协议市场
前沿AI