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CRISPR脱靶评估与验证工程

共计 30 章节
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01
CRISPR脱靶问题的工程化认知
目标=脱靶的定义 · 来源 · 类型（碱基编辑
CRISPR脱靶问题的工程化…
02
脱靶评估的实验设计基础
目标=如何根据编辑类型 · 细胞模型 · 目标应用（科研
脱靶评估的实验设…目标=如何根据编…
03
向导RNA设计与脱靶预测的计算工具
目标=常用sgRNA设计原则 · Cas-OFFinder · CRISPOR
RNA向导
04
基于测序的脱靶检测方法（一）
目标=GUIDE-seq · CIRCLE-seq · DISCOVER-seq的原理
基于测序的脱靶检…GUIDE-seq
05
基于测序的脱靶检测方法（二）
目标=Digenome-seq · SITE-seq · CHANGE-seq的原理
基于测序的脱靶检…Digenome-seq
06
靶向深度测序验证预测脱靶位点
目标=引物设计 · 多重PCR panel构建 · 扩增子测序
靶向深度测序验证…目标=引物设计
07
全基因组脱靶检测的样本制备与质控
目标=细胞基因组DNA提取 · 文库构建 · 测序深度与覆盖度要求
全基因组脱靶检测…质控
08
脱靶数据分析流程与常用工具
目标=从原始测序数据到脱靶位点列表的… · 包括比对 · peak calling
脱靶数据分析流程常用工具
09
脱靶位点的优先级排序与风险评估
目标=基于预测得分 · 实验证据 · 基因组位置（外显子
脱靶位点的优先级…风险评估
10
脱靶验证的orthogonal策略
目标=如何用不同原理的方法（如扩增子… · T7E1 · Sanger
orthogonal脱靶验证的
11
低频率脱靶事件的检测与定量
目标=UMI · 分子条形码 · 数字PCR
低频率脱靶事件的…定量
12
脱靶评估中的对照与标准化
目标=阳性对照 · 阴性对照 · 野生型对照
脱靶评估对照
13
细胞模型选择与脱靶评估
目标=常用细胞系（HEK293T · K562 · iPSC
细胞模型选择脱靶评估
14
体内编辑的脱靶评估
目标=动物模型（小鼠 · 非人灵长类）中组织特异性脱靶检测的挑… · 取样策略
体内编辑的脱靶评…目标=动物模型
15
脱靶评估在临床前研究中的合规要求
目标=FDA · EMA · NMPA相关指南解读
脱靶评估临床前研究
16
脱靶评估的案例研究（一）
目标=镰刀型贫血症与β-地中海贫血基…
脱靶评估的案例研…目标=镰刀型贫血…
17
脱靶评估的案例研究（二）
目标=CAR-T细胞编辑中TRAC · PDCD1等位点脱靶检测与临床前安全…
脱靶评估的案例研…CAR-T
18
脱靶评估的案例研究（三）
目标=农业基因编辑作物中脱靶检测的法… · 全基因组测序与后代分离验证
脱靶评估的案例研…目标=农业基因编…
19
碱基编辑器的脱靶评估
目标=DNA与RNA脱靶的检测方法（… · RNA-seq · CLEAR-seq）
碱基编辑器的脱靶…DNA
20
先导编辑（Prime Editing）的脱靶评估
目标=pegRNA设计相关的脱靶类型 · 检测策略 · 全基因组与靶向验证方法
PrimeEditing
21
CRISPR干扰与激活（CRISPRi/a）的脱靶评估
目标=转录组水平脱靶效应检测 · RNA-seq与靶向验证 · 对照设计
CRISPRCRISPRi/a
22
脱靶评估中的生信挑战与解决方案
目标=基因组重复区域 · 结构变异 · 参考基因组偏差
脱靶评估生信挑战
23
机器学习与人工智能在脱靶预测中的应用
目标=基于深度学习的脱靶预测模型（如… · DeepCRISPR） · 训练数据
机器学习人工智能
24
脱靶评估的实验验证实战（一）
目标=从预测到验证的完整工作流——以… · 设计并执行GUIDE-seq与靶向测…
脱靶评估的实验验…目标=从预测到验…
25
脱靶评估的实验验证实战（二）
目标=数据分析与报告撰写——使用开源… · 生成脱靶位点列表 · 风险分级与验证建议
脱靶评估的实验验…目标=数据分析
26
脱靶评估的自动化与高通量工程
目标=液体处理工作站 · 自动化文库构建 · 数据分析管道（Nextflow
脱靶评估的自动化高通量工程
27
脱靶评估的质量控制与实验室标准操作
目标=SOP制定 · 人员培训 · 仪器校准
脱靶评估的质量控…实验室标准操作
28
脱靶评估的伦理、法律与社会影响
目标=患者知情同意 · 基因编辑脱靶的长期随访 · 隐私保护与数据共享
脱靶评估的伦理法律
29
脱靶评估的前沿进展与未来方向
目标=新型脱靶检测技术（如单细胞测序 · 长读长测序） · 体内脱靶监测
脱靶评估的前沿进…未来方向
30
课程综合项目
目标=针对一个给定的基因编辑应用场景 · 独立设计完整的脱靶评估与验证方案 · 包括实验设计
课程综合项目目标=针对一个给…