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CRISPR筛选文库设计与实验

共计 30 章节

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CRISPR筛选技术全景

目标=从基因编辑到功能基因组学 · 理解CRISPR筛选的基本原理 · 发展历程

CRISPR筛选技术全景

CRISPR筛选实验设计基础

目标=明确生物学问题 · 选择筛选模型（细胞系 · 原代细胞

CRISPR筛选实验设计基础

sgRNA设计原则与算法

目标=掌握sgRNA序列特征（GC含… · 脱靶评分 · 多聚T

sgRNA设计原则

文库类型与载体选择

目标=比较全基因组文库 · 亚文库 · 定制文库的构建策略

文库类型载体选择

文库构建实验流程

目标=从寡核苷酸合成 · PCR扩增 · 克隆到慢病毒包装

文库构建实验流程目标=从寡核苷酸…

文库质量控制与测序验证

目标=学习如何通过NGS评估文库覆盖… · 均一性 · sgRNA分布

文库质量控制测序验证

慢病毒包装与滴度测定

目标=掌握慢病毒包装 · 浓缩 · 滴度测定的标准操作

慢病毒包装滴度测定

细胞模型准备与感染条件优化

目标=针对悬浮/贴壁细胞 · 原代细胞 · 干细胞等不同模型

细胞模型准备感染条件优化

筛选实验时间线与采样策略

目标=设计筛选的时间进程（早期 · 中期 · 晚期）

筛选实验时间线采样策略

正选与负选实验操作

目标=分别针对耐药筛选 · 报告基因激活（正选）和细胞毒性 · 增殖抑制（负选）设计实验

正选负选实验操作

体内CRISPR筛选实验设计

目标=学习小鼠模型（异种移植 · 同种移植 · PDX）中的文库递送

筛选数据的NGS测序与预处理

目标=掌握从基因组DNA提取 · sgRNA区域扩增 · 测序到原始数据质控的完整流程

NGS筛选数据的

sgRNA计数与标准化

目标=学习使用MAGeCK · CRISPResso · PinAPL-Py等工具进行sgRN…

基因水平统计分析与命中鉴定

目标=掌握MAGeCK · RIGER · CERES等算法

基因水平统计分析鉴定

筛选结果的可视化与解读

目标=学习使用火山图 · 曼哈顿图 · 热图

筛选结果的可视化解读

CRISPR激活（CRISPRa）筛选实验

目标=针对基因过表达筛选 · 学习SunTag · SAM

CRISPR抑制（CRISPRi）筛选实验

目标=掌握dCas9-KRAB抑制系… · 学习sgRNA靶向转录起始位点附近 · 优化抑制效率

组合筛选与双sgRNA文库

目标=学习双sgRNA文库（如CRI… · 合成致死筛选）的设计 · 构建和数据分析

sgRNA组合筛选

全基因组文库筛选实战

目标=以抗癌药物耐药筛选为例 · 完整设计从文库选择 · 细胞感染

全基因组文库筛选…目标=以抗癌药物…

定制小文库筛选实战

目标=针对特定基因家族（如激酶 · 表观遗传因子）设计定制文库 · 学习如何选择基因列表

定制小文库筛选实…目标=针对特定基…

筛选中的脱靶效应与对照设计

目标=理解脱靶效应的来源和评估方法 · 学习使用非靶向sgRNA · 安全靶向sgRNA作为对照

筛选脱靶效应

筛选假阳性与假阴性控制

目标=分析假阳性（脱靶 · 细胞适应）和假阴性（sgRNA效率低 · 文库覆盖不足）的原因

筛选假阳性假阴性控制

筛选命中的正交验证

目标=学习使用单个sgRNA验证 · CRISPR敲除/激活/抑制 · RNAi

筛选命正交验证

筛选数据的二次分析与整合

目标=学习整合多组学数据（转录组 · 蛋白质组 · 药物敏感性数据）进行通路和网络分析

筛选数据的二次分…整合

CRISPR筛选在药物靶点发现中的应用

目标=通过案例学习如何利用筛选识别新… · 耐药机制 · 联合用药策略

CRISPR筛选在免疫治疗中的应用

目标=学习在T细胞 · NK细胞 · 肿瘤细胞中开展筛选

CRISPR筛选在病毒-宿主相互作用研究中的应用

目标=设计全基因组筛选鉴定病毒受体 · 宿主因子 · 学习如何控制病毒滴度

CRISPR筛选在发育与干细胞研究中的应用

目标=利用类器官 · 胚胎干细胞进行筛选 · 学习如何维持干细胞多能性

高通量筛选自动化与微流控技术

目标=了解自动化液体处理 · 微流控芯片 · 单细胞测序与CRISPR筛选的结合

高通量筛选自动化微流控技术

CRISPR筛选实验报告与数据共享

目标=学习撰写筛选实验报告（包括实验… · 质控 · 结果

CRISPR筛选实验报告