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本课程属于：058-宏基因组物种丰度可视化 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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MetaPhlAn参数调优实践教程

共计 30 章节
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01
MetaPhlAn简介
背景 · 原理与在宏基因组物种分类中的角色
MetaPhlAn简介
02
MetaPhlAn安装
conda环境创建 · pip安装与源码编译三种方式
MetaPhlAn安装
03
MetaPhlAn数据库概览
bowtie2索引 · marker基因集与下载策略
MetaPhlAn数据库概览
04
数据库选择与版本管理
v3.0 · v4.0与自定义数据库的适用场景
数据库选择版本管理
05
首个运行实例
从FASTQ到物种丰度表 · 默认参数快速跑通
首个运行实例FASTQ
06
理解输出文件
物种丰度表 · clade文件 · SAM文件的含义
理解输出文件物种丰度表
07
参数调优核心思维
精度与速度的平衡 · 不同数据类型的差异
参数调优核心思维精度
08
Bowtie2参数调优（上）
--very-sensitive · --sensitive · --fast模式选择
Bowtie2参数调优
09
Bowtie2参数调优（下）
--mp · --np · --rdg
Bowtie2参数调优
10
MetaPhlAn主要参数解析
--bowtie2out · --nproc · --samout的实践技巧
MetaPhlAn主要参数解析
11
--stat_q参数调优
阈值设置如何改变物种检出的灵敏度与假…
statq参数调优
12
--excludenoviruses与--no_bowtie2_unalign
过滤病毒与未比对读段的取舍
excludenovir…no
13
--min_abundance参数
低丰度物种的保留与过滤策略
minabundance
14
--min_mapq参数
比对质量分数的阈值设定经验
minmapq
15
--index参数
多个数据库索引切换与混合数据库构建
index参数
16
多线程与计算资源优化
--nproc · 内存管理 · 任务并行化
多线程计算资源优化
17
paired-end与single-end数据的参数差异
重点调整--bowtie2_opts
paired-endsingle-end
18
长读长数据（PacBio/Nanopore）的MetaPhlAn参数适配
长读长数据（PacBio/Nanopor… · 核心概念 · 实践要点
PacBio/Nanop…MetaPhlAn
19
低生物量样本的调优策略
提高灵敏度同时控制污染
低生物量样本的调…提高灵敏度同时控…
20
高宿主污染样本的调优
--read_length与去宿主预…
高宿主污染样本的…read
21
结果验证与质量控制
利用known community · gold standard评估参数效…
结果验证质量控制
22
参数调优的自动化探索
Grid Search与贝叶斯优化思…
参数调优的自动化…Grid
23
批量样本参数统一调优
配置文件化管理与脚本化调用
批量样本参数统一…配置文件化管理
24
与其他工具联用
Kraken2/Bracken与Me…
其他工具联用Kraken2/Brac…
25
可视化调优结果
使用R/Python绘制物种检出曲线 · P/R/A曲线
可视化调优结果R/Python
26
实战案例1
健康人群肠道菌群分析——默认参数vs…
实战案例1vs
27
实战案例2
环境土壤样本——低丰度物种挖掘的参数…
实战案例2环境土壤样本
28
实战案例3
临床血液样本——极低微生物载量的参数…
实战案例3临床血液样本
29
常见错误排查
OOM · core dumped · 数据库不兼容等问题的解决方案
常见错误排查OOM
30
课程总结与最佳实践清单
建立自己团队的调优流水线
课程总结最佳实践清单