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MetaPhlAn参数敏感性分析实战

共计 30 章节
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01
MetaPhlAn简介
宏基因组物种分类利器
MetaPhlAn简介
02
MetaPhlAn的安装与配置
环境依赖与数据库获取
MetaPhlAn的安装
03
输入数据准备
FastQ文件的格式与质量控制
输入数据准备FastQ
04
MetaPhlAn基础运行命令
从原始序列到物种谱图
MetaPhlAn基础运行命令
05
理解MetaPhlAn输出结果
相对丰度表 · 谱图文件与日志
MetaPhlAn理解
06
参数敏感性分析的概念与意义
为什么需要关注参数变化
参数敏感性分析的…意义
07
关键参数一览
影响分类结果的十大参数
关键参数一览影响分类结果的十…
08
参数--bowtie2db
参考数据库的选择敏感性
bowtie2db参数
09
参数--min_cu_len
最小比对长度对结果的影响
mincu
10
参数--stat_q
质量控制阈值的敏感度分析
stat参数
11
参数--nproc
并行线程数对运行速度与结果的影响
nproc参数
12
参数--pkl
预先计算谱图文件的重复利用与敏感性
pkl参数
13
参数--samout
输出SAM文件辅助调试参数
samout参数
14
参数--mutation_rates
突变率设置如何影响物种识别
mutationrates
15
参数--add_phred
Phred质量分数偏移对低质量数据的…
addphred
16
设计参数敏感性实验
单一参数调整法与多参数联合
设计参数敏感性实…单一参数调整法
17
编写Shell脚本批量运行不同参数组合。
编写Shell脚本批量运行不同参数组合 · 核心概念 · 实践要点
Shell编写
18
解析输出文件
用Python提取MetaPhlAn…
解析输出文件Python
19
结果可视化
绘制参数-丰度变化曲线（折线图与箱线…
结果可视化绘制参数
20
统计指标
计算不同参数下物种丰度的变异系数与皮…
统计指标计算不同参数下物…
21
热图展示
多参数 · 多样本的丰度差异全局视图
热图展示多参数
22
案例1
不同测序深度下MetaPhlAn结果…
案例1MetaPhlAn
23
案例2
参考数据库版本（v3.0 vs v4…
案例2v3.0
24
案例3
宿主污染去除前后的参数敏感性对比
案例3宿主污染去除前后…
25
案例4
低质量数据（含大量N）对MetaPh…
案例4MetaPh
26
自动化敏感性分析流程
Snakemake或Nextflow…
自动化敏感性分析…Snakemake
27
结果报告生成
将参数敏感性分析集成到HTML报告中
结果报告生成HTML
28
常见错误与调试
参数设置不当导致的运行失败与异常结果
常见错误调试
29
参数优化
根据数据特征选择最佳参数组合的策略
参数优化根据数据特征选择…
30
总结与展望
MetaPhlAn参数调优的最佳实践…
MetaPhlAn参数调优的最佳实…