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Kraken2数据库选择与构建指南

共计 30 章节
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01
Kraken2概述
Kraken2的发展史 · 核心原理（k-mer分类器） · 与Kraken1的区别
Kraken2的发展史
02
环境准备
Linux系统要求 · 依赖安装（C++编译器 · Perl
环境准备Linux
03
Kraken2安装
源码编译 · Bioconda安装 · Docker部署
Kraken2安装
04
预构建数据库介绍
官方数据库（Standard · Minikraken · PlusPF）
预构建数据库介绍Standard
05
预构建数据库下载
通过kraken2-build do… · 或直接wget
预构建数据库下载kraken2-buil…
06
Minikraken数据库
轻量级数据库的特点 · 适用场景（快速初筛） · 使用步骤
Minikraken数据库
07
Standard数据库
官方标准库的内容（细菌 · 古菌 · 病毒）
Standard数据库
08
PlusPF数据库
包含质粒与真菌的扩展库 · 更新历史 · 推荐使用场景
PlusPF数据库
09
自定义数据库构建概述
为何需要自定义 · 构建流程概览（分类学 · 基因组
自定义数据库构建…为何需要自定义
10
获取参考基因组
从NCBI RefSeq/GenBa… · viral · fungal等）
获取参考基因组NCBI
11
管理分类学数据
kraken2-build down… · 自定义分类文件
管理分类学数据kraken2-buil…
12
构建自定义数据库
kraken2-build --bu… · 关键参数（k-mer长度 · minimizer
构建自定义数据库kraken2-buil…
13
k-mer长度选择
默认31bp的原理 · 长度对敏感度/特异性的影响 · 在短读与长读中的调整
k-mer长度选择
14
Minimizer技巧
minimizer长度与间隔的平衡 · 减少内存的机制 · 实际调参经验
Minimizer长度
15
数据库内存优化
使用--quick模式 · --memory-mapping · 分块索引
数据库内存优化quick
16
并行构建
多线程设置（--threads） · I/O瓶颈处理 · 使用tmpfs加速
并行构建threads
17
数据库压缩
使用kraken2-build --… · HDF5格式 · 节约磁盘空间
数据库压缩kraken2-buil…
18
添加新物种到现有库
使用kraken2-build --… · 重建索引的注意事项
添加新物种到现有…kraken2-buil…
19
分类学过滤
排除非目标类群（如真核宿主） · 构建宿主基因组去除库
分类学过滤排除非目标类群
20
分类置信度阈值
kraken2运行时--confid… · --minimum-hit-grou… · 实际调优案例
分类置信度阈值kraken2
21
Bracken定量集成
Bracken原理 · 基于Kraken2数据库重建Brac… · 丰度估计
Bracken定量集成
22
数据库质量评估
用已知数据集测试分类准确率 · 计算Precision/Recall · 混淆矩阵
数据库质量评估用已知数据集测试…
23
kraken2-inspect工具
查看数据库内容 · 统计各分类层级序列数 · 检查覆盖度
kraken2-insp…工具
24
多数据库联合使用
合并多个Kraken2库 · 或使用kraken2 --db参数交…
多数据库联合使用Kraken2
25
数据库版本控制
用Git LFS管理大数据 · 记录构建日志 · 复现构建环境
数据库版本控制Git
26
错误处理与调试
构建中断原因（磁盘满 · 网络超时） · 检查日志文件
错误处理调试
27
高性能计算部署
在SLURM/PBS集群中构建大型数… · 作业脚本示例 · 资源申请建议
高性能计算部署SLURM/PBS
28
容器化数据库分发
将数据库打包为Singularity… · 分享给团队的方法
容器化数据库分发Singularity
29
实际项目案例①
构建人类肠道微生物组专用数据库（包含…
实际项目案例①构建人类肠道微生…
30
实际项目案例②
构建环境宏基因组数据库（土壤/海洋） · 合并非冗余基因组 · 并评估分类性能
实际项目案例②构建环境宏基因组…