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Kraken2与MetaPhlAn分类原理对比指南

共计 30 章节
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01
课程介绍
Kraken2与MetaPhlAn的…
课程介绍Kraken2
02
宏基因组分类学基础概念
宏基因组分类学基础概念 · 核心概念 · 实践要点
宏基因组分类学基…重点
03
Kraken2工作原理
k-mer匹配与LCA算法
Kraken2工作原理
04
MetaPhlAn工作原理
标记基因与Bowtie2比对
MetaPhlAn工作原理
05
数据库构建
Kraken2的自定义数据库
数据库构建Kraken2
06
数据库构建
MetaPhlAn的marker基因…
数据库构建MetaPhlAn
07
分类粒度对比
序列级别 vs 物种级别
分类粒度对比vs
08
速度与资源消耗
Kraken2的优势
速度资源消耗
09
灵敏度与特异性
MetaPhlAn的优势
灵敏度特异性
10
安装与配置
Kraken2的安装与依赖
安装配置
11
安装与配置
MetaPhlAn的安装与依赖
安装配置
12
命令行使用
Kraken2基本调用与参数
命令行使用Kraken2
13
命令行使用
MetaPhlAn基本调用与参数
命令行使用MetaPhlAn
14
输出格式解析
Kraken2的报告文件
输出格式解析Kraken2
15
输出格式解析
MetaPhlAn的物种丰度表
输出格式解析MetaPhlAn
16
可视化方法
基于Kraken2结果的Krona图
可视化方法Kraken2
17
可视化方法
基于MetaPhlAn结果的丰度热图
可视化方法MetaPhlAn
18
对比实验结果
在模拟数据集上的性能评估
对比实验结果模拟数据集上的性…
19
对比实验结果
在真实宏基因组数据上的表现
对比实验结果真实宏基因组数据…
20
低丰度物种检测能力比较
低丰度物种检测能力比较 · 核心概念 · 实践要点
低丰度物种检测能…重点
21
新物种识别的能力
Kraken2 vs MetaPhl…
新物种识别的能力Kraken2
22
种水平与株水平区分能力
种水平与株水平区分能力 · 核心概念 · 实践要点
种水平株水平区分能力
23
结合使用策略
先用Kraken2快速筛选 · 再用MetaPhlAn精确定量
结合使用策略Kraken2
24
管道搭建
Snakemake或Nextflow…
管道搭建Snakemake
25
内存优化
Kraken2的索引压缩与大型数据库
内存优化Kraken2
26
准确性提升
MetaPhlAn3/4新特性介绍
准确性提升MetaPhlAn3/4
27
替代方案
Bracken · Centrifuge等工具对比
替代方案Bracken
28
常见问题与调试
Kraken2假阳性问题
常见问题调试
29
常见问题与调试
MetaPhlAn参考基因组不足问题
常见问题调试
30
总结与选型建议
根据项目需求选择合适工具
选型建议根据项目需求选择…