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物种丰度热图聚类分析设计与解读实战

共计 30 章节

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物种丰度热图概述

什么是物种丰度热图 · 应用场景与价值

物种丰度热图概述什么是物种丰度热…

热图的基本组成

行 · 列 · 颜色映射

热图的基本组成颜色映射

聚类分析基础

层次聚类与划分聚类（K-means）

聚类分析基础K-means

欧氏距离 · 曼哈顿距离 · 相关系数等

距离度量欧氏距离

层次聚类算法

凝聚聚类 · 分裂聚类 · 树状图解读

层次聚类算法凝聚聚类

热图数据格式要求

矩阵格式 · 行名与列名 · 缺失值处理

热图数据格式要求矩阵格式

数据标准化与归一化

Z-score · Min-Max · Log转换

数据标准化归一化

实践中数据预处理

筛选高丰度物种 · 过滤低丰度

数据预处理筛选高丰度物种

R语言pheatmap包快速绘制热图。

R语言pheatmap包快速绘制热图 · 核心概念 · 实践要点

pheatmapR语言

Python seaborn.clustermap函数基础用法。

Python seaborn.clust… · 核心概念 · 实践要点

Pythonseaborn.clus…

Python中自定义热图颜色方案（colormap）。

Python中自定义热图颜色方案（col… · 核心概念 · 实践要点

热图行列聚类选项

行聚类 · 列聚类 · 聚类距离方法设置

热图行列聚类选项行聚类

添加行/列注释条（metadata annotation）。

添加行/列注释条（metadata an… · 核心概念 · 实践要点

metadataannotation

注释颜色映射与图例设计。

注释颜色映射与图例设计 · 核心概念 · 实践要点

注释颜色映射图例设计

分面热图 · 多组别比较

复杂热图分面热图

热图聚类结果解读

识别聚类簇 · 生物学意义推断

热图聚类结果解读识别聚类簇

差异丰度与热图结合

将差异检验结果映射到热图

差异丰度热图结合

热图与丰度条形图组合展示。

热图与丰度条形图组合展示 · 核心概念 · 实践要点

热图丰度条形图组合展…

动态交互式热图

plotly · bokeh实现

动态交互式热图plotly

大数据热图优化

降采样 · 聚类后聚合展示

大数据热图优化降采样

数据稀疏性导致聚类不稳定

常见问题数据稀疏性导致聚…

重复样本的聚类验证

Bootstrap评价聚类可靠性

重复样本的聚类验…Bootstrap

热图在微生物组研究中的应用案例。

热图在微生物组研究中的应用案例 · 核心概念 · 实践要点

热图微生物组研究

热图在转录组表达分析中的应用案例。

热图在转录组表达分析中的应用案例 · 核心概念 · 实践要点

热图转录组表达分析

使用Sklearn进行层次聚类并手动绘制热图。

使用Sklearn进行层次聚类并手动绘制… · 核心概念 · 实践要点

从聚类结果提取分类特征（biomarker）。

从聚类结果提取分类特征（biomarke… · 核心概念 · 实践要点

biomarker从聚类结果提取分…

热图聚类结果输出与可视化调整。

热图聚类结果输出与可视化调整 · 核心概念 · 实践要点

热图聚类结果输出可视化调整

自动生成报告

热图+统计分析一体化

自动生成报告热图+统计分析一…

从设计到解读的完整流程

课程总结从设计到解读的完…

用给定数据集完成热图聚类分析并撰写作…

实战作业用给定数据集完成…