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宏基因组分析流程复现与参数配置指南

共计 30 章节
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01
宏基因组分析概述
宏基因组学概念 · 应用领域 · 分析流程总览
宏基因组分析概述宏基因组学概念
02
实验设计与测序策略
样本采集 · DNA提取 · 文库构建
实验设计测序策略
03
原始数据质控
FastQC质量评估 · MultiQC汇总报告解读
原始数据质控FastQC
04
接头与低质量序列去除
Trimmomatic · Cutadapt参数配置与实战
接头低质量序列去除
05
宿主污染去除
Bowtie2比对宿主基因组 · Kraken2过滤污染序列
宿主污染去除Bowtie2
06
宏基因组组装
MEGAHIT · SPAdes · IDBA-UD安装与参数调优
宏基因组组装MEGAHIT
07
组装质量评估
Quast · metaQUAST统计指标解读
组装质量评估Quast
08
基因预测与注释
Prodigal · MetaGeneMark参数详解与结…
基因预测注释
09
构建非冗余基因集
CD-HIT聚类 · MMseqs2去冗余参数配置
构建非冗余基因集CD-HIT
10
物种分类注释
Kraken2数据库构建 · Bracken丰度校正 · MetaPhlAn2
物种分类注释Kraken2
11
功能基因注释
KEGG · COG · Pfam
功能基因注释KEGG
12
丰度估计
Salmon · Kallisto · Bowtie2+coverM对比与参…
丰度估计Salmon
13
样本间差异分析
LEfSe · DESeq2 · edgeR的原理与参数设置
样本间差异分析LEfSe
14
统计与可视化
R语言vegan包 · ggplot2绘制Alpha/Bet…
统计可视化
15
流程自动化
Snakemake入门 · 规则编写与集群配置
流程自动化Snakemake
16
流程自动化
Nextflow基础 · DSL2语法与参数传递
流程自动化Nextflow
17
参数配置详解
质控环节的常用参数（滑动窗口 · 质量阈值）
参数配置详解质控环节的常用参…
18
参数配置详解
组装环节的k-mer设置 · 内存控制
参数配置详解k-mer
19
参数配置详解
基因预测的起始密码子 · 最小基因长度
参数配置详解基因预测的起始密…
20
参数配置详解
物种注释的置信度阈值 · 数据库版本选择
参数配置详解物种注释的置信度…
21
参数配置详解
功能注释的e-value · 覆盖率参数
参数配置详解e-value
22
参数配置详解
丰度估计的文库类型 · 偏差校正
参数配置详解丰度估计的文库类…
23
参数配置详解
差异分析的标准化方法 · 多重检验校正
参数配置详解差异分析的标准化…
24
流程复现
从论文方法到可执行Snakemake…
流程复现Snakemake
25
复现经典研究
Human Microbiome P…
复现经典研究Human
26
复现经典研究
Tara Oceans宏基因组分析路…
复现经典研究Tara
27
容器化工具
Dockerfile编写 · Singularity构建可重复环境
容器化工具Dockerfile
28
版本控制与可重复性
Git管理代码 · Conda环境锁文件
版本控制可重复性
29
性能优化与并行计算
多线程 · MPI · 资源管理
性能优化并行计算
30
常见问题与调试
内存不足 · 组装中断 · 注释缺失的排查技巧
常见问题调试