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本课程属于：058-宏基因组物种丰度可视化 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

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交互式物种丰度报告Krona实战

共计 30 章节

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Krona的起源 · 应用场景（宏基因组 · 微生物组

Krona环境搭建

安装KronaTools（conda… · 验证安装 · 依赖检查（perl

Krona环境搭建

Krona输入数据格式

标准层级格式（tab分隔） · 每行一个分类路径 · 带读长计数或相对丰度

Krona输入数据格式

第一个Krona图

使用ktImportText命令 · 从简单文本生成HTML交互图 · 理解输出结构

Krona图交互操作

缩放 · 旋转 · 点击展开/折叠

Krona图交互操作

分类数据准备

从NCBI Taxonomy获取物种… · 构建自定义层级文件

分类数据准备NCBI

基于Kraken2结果生成Krona

解析Kraken2报告（.repor… · 转换为Krona输入格式

基于Bracken结果生成Krona

处理Bracken丰度估计 · 合并多级分类

基于MetaPhlAn结果生成Krona

提取物种相对丰度 · 构建层级路径

多级分类处理

域 · 界 · 门

多级分类处理重点

多个样本的Krona对比

并排显示 · 重叠图 · 颜色区分样本

Krona多个样本的

Krona颜色定制

通过配置文件修改默认色板 · 匹配主题或期刊要求

Krona颜色定制

Krona标题与图例添加

在生成的HTML中手动编辑或使用参数…

Krona图大小与布局调整

控制环图半径 · 字体大小 · 标签显示密度

从R语言中调用Krona

使用KronaR包或system命令 · 在R Markdown中嵌入

Krona从R语言

在Python中生成Krona

使用subprocess调用Kron… · 或直接生成输入文件

交互式HTML报告集成

将Krona图嵌入到Bootstra…

Krona图的自动化批处理

脚本处理多个样本 · 生成批量报告

Krona图的自动化批处理

Krona常见错误与调试

输入格式错误 · 分类树不完整 · 内存不足等解决方案

Krona常见错误

利用Krona展示功能基因丰度

从KEGG/COG层级构建功能分类图

Krona在不同分辨率下的展示

总览与细节切换 · 设置最小百分比阈值

Krona不同分辨率下的展…

实时更新Krona数据

使用Krona JavaScript…

Krona实时更新

人体肠道微生物组Krona丰度报告（…

实战案例1Krona

土壤宏基因组物种分类Krona图（从…

实战案例2Krona

转录组宿主-病原体分类Krona（从…

实战案例3Krona

临床样本快速病原检测Krona报告（…

实战案例4Krona

多时间点纵向研究Krona动态变化对…

实战案例5Krona

与其他可视化工具对比

Krona与GraPhlAn · iTOL · Pavian的优劣及选型

其他可视化工具对…Krona

部署与分享

将Krona HTML上传至服务器 · GitHub Pages或嵌入在线报…

搭建完整物种丰度报告自动化流程 · 从原始数据到发布式Krona图

综合项目搭建完整物种丰度…