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本课程属于：057-RNA-seq差异表达可视化 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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R Shiny构建交互差异表达报告实操

共计 30 章节
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01
课程介绍与R Shiny概述
学习目标 · 课程安排 · Shiny在生物信息学中的应用
Shiny课程介绍
02
R与RStudio环境搭建
安装R · RStudio · 配置Bioconductor
RStudioR
03
R基础回顾（一）
向量 · 矩阵 · 列表
R基础回顾向量
04
R基础回顾（二）
函数 · 条件语句 · 循环
R基础回顾函数
05
Shiny入门
第一个Shiny应用 · UI与Server分离
Shiny第一个
06
Shiny输入控件
文本输入 · 数值输入 · 选择框
Shiny输入控件
07
Shiny输出控件
文本输出 · 表格输出 · 绘图输出
Shiny输出控件
08
反应式编程
reactive · observe · reactiveValues
反应式编程reactive
09
数据导入与整理
读取CSV/Excel · 数据清洗 · tidyverse入门
数据导入整理
10
差异表达分析基础
DESeq2原理 · 数据格式要求 · 标准化
差异表达分析基础DESeq2
11
DESeq2实战
构建dds对象 · 差异检验 · 结果提取
DESeq2dds
12
结果对象操作
results函数 · 对比 · p值调整
结果对象操作results
13
火山图绘制
ggplot2基础 · 标注显著基因 · 交互式版本
火山图绘制ggplot2
14
热图绘制
pheatmap · ComplexHeatmap · 交互式热图（heatmaply）
热图绘制pheatmap
15
MA图绘制
DESeq2内置函数 · ggplot2自定义 · 交互式
MA图绘制
16
交互式表格
DT包的使用 · 搜索 · 排序
交互式表格DT
17
下载功能实现
downloadHandler · 下载CSV · 下载图表
下载功能实现downloadHand…
18
Shiny应用模块化
模块函数 · 封装UI和Server
Shiny应用模块化
19
动态UI生成
uiOutput · renderUI · conditionalPanel
UI动态
20
数据筛选与过滤
根据p值 · FC · 基因名动态筛选
数据筛选过滤
21
多组比较与对比
多因素设计 · 对比矩阵 · 绘制多组图
多组比较对比
22
富集分析初步
clusterProfiler · GO富集 · KEGG富集
富集分析初步clusterProfi…
23
富集结果可视化
Barplot · Dotplot · 网络图（enrichplot）
富集结果可视化Barplot
24
交互式富集网络
visNetwork实现富集网络图
交互式富集网络visNetwork
25
报告生成
rmarkdown集成Shiny · 参数化报告
报告生成rmarkdown
26
用户自定义参数
侧边栏控制阈值 · 颜色 · 基因列表
用户自定义参数侧边栏控制阈值
27
部署Shiny应用
shinyapps.io部署 · Shiny Server安装
Shiny部署
28
性能优化
缓存 · 数据预处理 · 异步计算
性能优化缓存
29
实际案例
TCGA-COAD差异表达分析全流程
实际案例TCGA-COAD
30
总结与最佳实践
常见问题 · 代码规范 · 扩展建议
最佳实践常见问题