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Python绘制差异表达火山图教程

共计 30 章节
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01
火山图概述
什么是火山图 · 火山图的用途 · 火山图在生物信息学中的应用场景
火山图概述什么是火山图
02
差异表达分析基础
差异表达的概念 · p值 · log2FC的含义
差异表达分析基础差异表达的概念
03
Python环境搭建
安装miniconda · 创建虚拟环境 · 安装pandas
Python环境搭建
04
数据加载与预处理
读取表达矩阵（CSV/TSV） · 清洗缺失值 · 查看数据概览
数据加载预处理
05
差异分析结果格式
理解DESeq2/edgeR/lim… · 如baseMean · log2FoldChange
差异分析结果格式DESeq2/edgeR…
06
基础散点图绘制
用matplotlib.scatte…
基础散点图绘制matplotlib.s…
07
颜色标记显著基因
根据padj1条件分类上/下调/不显…
颜色标记显著基因padj1
08
添加参考线
在x轴添加垂直线（log2FC阈值） · y轴添加水平线（p值阈值）
添加参考线log2FC
09
图例定制
添加图例说明上调 · 下调 · 不显著基因的颜色和标签
图例定制添加图例说明上调
10
坐标轴美化
调整x/y轴标签 · 刻度范围 · 标题字体大小
坐标轴美化x/y
11
Seaborn风格火山图
使用seaborn.scatterp… · 设置样式 · 色调映射
Seaborn风格火山图
12
Seaborn联合分布图
利用jointplot展示边距直方图 · 增强数据密度展示
Seaborn联合分布图
13
交互式火山图（Plotly）
用plotly.express.sc… · 悬停显示基因名的图表
Plotly交互式火山图
14
Plotly交互增强
下拉阈值选择 · 按钮切换数据视图 · 动态更新颜色
Plotly交互增强
15
标注关键基因
在图上用文字标注top10显著基因（…
标注关键基因top10
16
避免文本重叠
使用adjustText或手动调整标…
避免文本重叠adjustText
17
批量火山图
循环遍历多个对比组 · 自动生成子图布局（2×2 · 3×3）
批量火山图循环遍历多个对比…
18
火山图+热图联动
将显著基因的热图与火山图并列展示于同…
火山图+热图联动将显著基因的热图
19
自定义颜色映射
根据log2FC连续数值设置渐变色 · 增强视觉层次
自定义颜色映射log2FC
20
保存高质量图片
设置dpi · bbox_inches='tight · 支持PDF/SVG矢量格式
保存高质量图片dpi
21
火山图报告自动生成
用matplotlib嵌入到HTML… · 生成Markdown报告
火山图报告自动生…matplotlib
22
基于pandas筛选与排序
快速提取显著基因 · 导出CSV列表
pandas基于
23
参数化封装函数
编写get_volcano_plot… · padj_cut · logFC_cut)复用
参数化封装函数get
24
添加统计注释
在图上显示上调/下调基因数量 · 总基因数
添加统计注释图上显示上调
25
多组对比火山图合并
利用颜色区分不同对比组 · 叠加显示
多组对比火山图合…利用颜色区分不同…
26
火山图与MA图对比
同时绘制MA图（mean vs lo… · 理解差异依据
MA火山图
27
火山图在单细胞RNA-seq中的应用
处理Seurat或Scanpy的差异…
RNA-seq火山图
28
常见错误与调试
处理Inf/-Inf值 · 全零行导致绘图失败 · 记忆优化
常见错误调试
29
美观性进阶
修改matplotlib rcPar… · 使用科学绘图主题（sciencepl…
美观性进阶matplotlib
30
综合实战案例
加载实际RNA-seq差异结果 · 完成从数据清洗到出版级火山图全流程
综合实战案例RNA-seq