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GO富集分析结果可视化集成方法

共计 30 章节
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01
GO富集分析概述
GO数据库简介 · GO三大类别（BP/CC/MF） · 富集分析基本原理
GO富集分析概述
02
富集分析常用工具
DAVID · clusterProfiler · Enrichr
富集分析常用工具DAVID
03
R语言基础与clusterProfiler安装
R/RStudio环境配置 · clusterProfiler包安装…
clusterProfi…R语言基础
04
基因列表准备
差异表达基因筛选方法 · 基因ID转换（Entrez/Symb…
基因列表准备差异表达基因筛选…
05
基于clusterProfiler的GO富集分析
enrichGO函数参数详解 · 结果对象解析
clusterProfi…GO
06
GSEA富集分析方法
GSEA原理 · gseGO函数使用 · 排序基因列表生成
GSEA富集分析方法
07
富集结果可视化之条形图
barplot函数自定义颜色 · 排序 · 多组比较
富集结果可视化之…barplot
08
富集结果可视化之点图
dotplot美学参数调整 · 气泡大小含义
富集结果可视化之…dotplot
09
富集结果可视化之网络图
cnetplot函数展示基因-通路关… · 节点布局优化
富集结果可视化之…cnetplot
10
富集结果可视化之环状图
GOplot包的GOCircle · GOCircos绘制
富集结果可视化之…GOplot
11
富集结果可视化之基因概念网络
GOCircle与GOCircos的…
富集结果可视化之…GOCircle
12
富集结果可视化之热图
pheatmap与ComplexHe…
富集结果可视化之…pheatmap
13
富集结果可视化之树状图
upset图与treemap展示重叠…
富集结果可视化之…upset
14
多组比较的富集可视化
分组批处理 · 分面facet_wrap/facet…
多组比较的富集可…分组批处理
15
自定义配色方案
RColorBrewer · viridis · 手动scale_fill/scale…
自定义配色方案RColorBrewer
16
交互式可视化
plotly将静态图转为交互式 · egg包调整布局
交互式可视化plotly
17
富集结果导出与表格美化
write.table导出 · DT包制作交互式表格
富集结果导出表格美化
18
Python生态的富集可视化
GSEAPY · Enrichr API的Python…
Python生态的富集可视化
19
Python版GO可视化
plotnine复现R风格图 · matplotlib定制点图
PythonGO
20
Reactome与KEGG富集可视化
与GO可视化的异同 · pathview的使用
ReactomeKEGG
21
基于Web的在线可视化工具
Shiny App搭建简易富集分析平…
Web基于
22
复杂实验设计中的富集可视化
配对比较 · 时间序列 · 多因素
复杂实验设计富集可视化
23
富集结果统计检验修正
Bonferroni · FDR · q-value在图中的标注
富集结果统计检验…Bonferroni
24
批量富集分析与可视化自动化
循环分析多个基因集 · 导出PDF报告
批量富集分析可视化自动化
25
富集图表的组合排版
cowplot/patchwork拼… · figure legend定制
富集图表的组合排…cowplot/patc…
26
特殊数据类型处理
单细胞RNA-seq的GO富集可视化 · Seurat整合
特殊数据类型处理RNA-seq
27
富集分析结果的可重复性
R Markdown/Quarto生…
富集分析结果的可…Markdown/Qua…
28
性能优化
大数据量富集分析加速策略（并行计算 · 数据库索引）
性能优化大数据量富集分析…
29
常见问题与调试
基因注释不完整 · ID转换失败 · 图截断等解决方案
常见问题调试
30
案例实战
从头到尾完成一个转录组测序的GO富集…
案例实战GO