VIP20
本课程属于：057-RNA-seq差异表达可视化 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

FASTQ质量评估可视化实操课程

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
FASTQ格式基础
了解FASTQ文件的结构 · 质量分数编码规则（Phred+33/… · 解析每条序列的四行记录
FASTQ格式基础
02
质量评估的重要性
为什么测序数据必须质控？探讨低质量数… · 组装 · 变异检测）的影响
质量评估的重要性为什么测序数据必…
03
Illumina测序技术简介
桥式PCR扩增 · 边合成边测序原理 · 常见错误类型（替换
Illumina测序技术简介
04
安装FastQC
在Linux · macOS · Windows上通过conda或源码…
FastQC安装
05
运行FastQC
命令行基本用法（fastqc inp… · 常用参数（--outdir · --threads
FastQC运行
06
解读FastQC报告（上）
Per base sequence… · Per sequence quali…
FastQC解读
07
解读FastQC报告（下）
GC含量分布 · N content · Sequence Length Di…
FastQC解读
08
常见质量问题与解决方案
接头污染 · 低质量末端 · GC偏差
常见质量问题解决方案
09
MultiQC集成与安装
使用pip安装MultiQC · 基本命令（multiqc .） · 整合多个FastQC报告
MultiQC集成
10
MultiQC报告解读
多样本对比的交互式图表 · 识别批量数据中的异常样本
MultiQC报告解读
11
基于Biopython解析FASTQ
读取序列 · 质量分数 · 计算每条序列的平均质量
BiopythonFASTQ
12
计算质量统计量
手动计算Q20 · Q30比例 · 平均质量
计算质量统计量Q20
13
使用matplotlib绘制Per base quality箱线图
读取每个位置的碱基质量 · 用箱线图展示分布
matplotlibPer
14
绘制碱基组成堆叠图
每个位置的A/T/G/C/N百分比 · 用堆叠柱状图展示
绘制碱基组成堆叠…A/T/G/C/N
15
绘制GC含量分布直方图
统计每条序列的GC百分比 · 绘制直方图与理论正态分布对比
GC绘制
16
绘制序列长度分布直方图
统计不同长度的序列频数 · 检查是否有异常短或长的序列
绘制序列长度分布…统计不同长度的序…
17
识别接头污染
用k-mer频率或局部比对检测常见接… · Nextera）
识别接头污染k-mer
18
过滤低质量序列
基于平均质量阈值（如Q20）或滑动窗…
过滤低质量序列Q20
19
去除接头
使用cutadapt或Trimmom… · 演示核心参数（-a · --nextseq-trim）
去除接头cutadapt
20
质控前后对比可视化
用subplot将原始数据与过滤后的…
质控前后对比可视…subplot
21
交互式可视化
使用Plotly绘制Per base… · 支持缩放 · 悬停显示
交互式可视化Plotly
22
生成HTML报告
将多个可视化图表（matplotli…
HTML生成
23
处理双端测序数据
分别对R1/R2运行FastQC · 检查双端文件的一致性 · 以及插入片段分布（如有）
处理双端测序数据R1/R2
24
大规模数据集的自动化质控
使用Snakemake或Nextfl… · 并行处理上千个样本
大规模数据集的自…Snakemake
25
基于机器学习的异常检测
训练简单模型（如孤立森林）识别质量分…
基于机器学习的异…训练简单模型
26
自定义质量评估指标
计算N含量比例 · ambiguous bases（非A… · polyA/T序列比例
自定义质量评估指…计算N含量比例
27
与参考基因组比对后的质控
比对率 · uniquely mapped比例 · 错配率
参考基因组比对后…比对率
28
案例实操（人类WGS）
下载公共数据（如SRR1234567… · 完整执行质控 · 可视化
WGS案例实操
29
案例实操（RNA-seq）
处理内含子剪接相关的二聚体质量问题 · 使用STAR比对后的质量控制
RNA-seq案例实操
30
总结与最佳实践
完整的质控流程建议 · 常用工具组合 · 常见陷阱（如错用Phred编码）及避…
最佳实践完整的质控流程建…