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数据质控：FASTQ预处理可视化技巧

共计 30 章节
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01
测序数据质控概述
为什么需要质控？FASTQ格式简介
测序数据质控概述FASTQ
02
FASTQ格式详解
每一行含义 · 质量分数编码（Phred+33 · Phred+64）
FASTQ格式详解
03
质量分数与错误率关系
如何解释质量分数
质量分数错误率关系
04
常用质控工具介绍
FastQC · MultiQC · NGSQC等
常用质控工具介绍FastQC
05
FastQC安装与基本使用（命令行）。
FastQC安装与基本使用（命令行） · 核心概念 · 实践要点
FastQC安装
06
FastQC输出解读
Per base sequence… · Per sequence quali…
FastQC输出解读
07
过表示序列与K-mer分析
识别接头污染等
K-mer过表示序列
08
序列重复水平与GC含量分布。
序列重复水平与GC含量分布 · 核心概念 · 实践要点
GC序列重复水平
09
质量过滤原理
Trimmomatic · cutadapt等工具
质量过滤原理Trimmomatic
10
基于Python的FASTQ处理
使用Biopython读取FASTQ
PythonFASTQ
11
Python基础
文件读写 · 循环 · 字符串处理
Python文件读写
12
质量统计计算
平均质量 · 最低质量 · 碱基分布
质量统计计算平均质量
13
可视化库选择
Matplotlib · Seaborn · Plotly
可视化库选择Matplotlib
14
绘制碱基质量箱线图。
绘制碱基质量箱线图 · 核心概念 · 实践要点
绘制碱基质量箱线…重点
15
绘制GC含量分布直方图。
绘制GC含量分布直方图 · 核心概念 · 实践要点
GC绘制
16
绘制序列长度分布图。
绘制序列长度分布图 · 核心概念 · 实践要点
绘制序列长度分布…重点
17
绘制碱基组成堆积图。
绘制碱基组成堆积图 · 核心概念 · 实践要点
绘制碱基组成堆积…重点
18
绘制质量热图（heatmap）。
绘制质量热图（heatmap） · 核心概念 · 实践要点
heatmap绘制质量热图
19
交互式可视化
使用Plotly或Bokeh创建动态…
交互式可视化Plotly
20
多样本质控汇总
MultiQC原理与使用
多样本质控汇总MultiQC
21
自定义质控报告
基于Python生成HTML报告
自定义质控报告Python
22
异常值检测与处理
过滤低质量reads · 接头
异常值检测处理
23
适配不同测序平台
Illumina · PacBio · Nanopore FASTQ特点
适配不同测序平台Illumina
24
大数据FASTQ处理
分块读取 · 并行处理
FASTQ大数据
25
数据存储与元数据管理。
数据存储与元数据管理 · 核心概念 · 实践要点
数据存储元数据管理
26
质控标准设定
如何确定阈值
质控标准设定如何确定阈值
27
常见质控陷阱
接头污染 · 过度修剪 · 质量分数编码错误
常见质控陷阱接头污染
28
案例实战
单端/双端测序数据质控流程
案例实战单端
29
自动化质控管道
使用Snakemake或Nextfl…
自动化质控管道Snakemake
30
未来趋势
基于深度学习的质控方法简介
未来趋势基于深度学习的质…