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本课程属于：057-RNA-seq差异表达可视化 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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工具选择指南：DESeq2和edgeR可视化特性

共计 30 章节
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01
课程概述
为什么选择DESeq2和edgeR进…
课程概述DESeq2
02
环境准备
R和Bioconductor安装
环境准备Bioconductor
03
数据导入
读取计数矩阵和样本信息
数据导入读取计数矩阵
04
DESeq2对象创建
DESeqDataSetFromMa…
DESeq2对象创建
05
edgeR对象创建
DGEList对象
edgeR对象创建
06
数据预处理
过滤低表达基因
数据预处理过滤低表达基因
07
标准化方法
DESeq2的median of r…
标准化方法DESeq2
08
差异表达分析
DESeq2的DESeq() vs…
差异表达分析DESeq2
09
结果提取
results() vs topTa…
结果提取results
10
MA图可视化
plotMA vs plotSmea…
MA图可视化
11
火山图绘制
增强火山图包EnhancedVolc…
火山图绘制EnhancedVolc
12
热图绘制
pheatmap与ComplexHe…
热图绘制pheatmap
13
聚类分析
样本聚类与基因聚类
聚类分析样本聚类
14
PCA图
DESeq2的plotPCA vs…
PCADESeq2
15
箱线图
表达量分布比较
箱线图表达量分布比较
16
基因集富集分析可视化
GSEA图
基因集富集分析可…GSEA
17
时间序列分析可视化
lfcs矩阵热图
时间序列分析可视…lfcs
18
交互式可视化
plotly与shiny应用
交互式可视化plotly
19
多组比较
对比矩阵与可视化
多组比较对比矩阵
20
批次效应可视化
RUVSeq与sva
批次效应可视化RUVSeq
21
质量控制
样本相关性热图与主成分分析
质量控制样本相关性热图
22
结果报告
生成可重现的HTML报告
结果报告HTML
23
自定义主题
ggplot2与颜色方案
自定义主题ggplot2
24
保存图形
PDF/PNG/SVG格式
保存图形PDF/PNG/SVG
25
性能比较
DESeq2 vs edgeR运行时…
性能比较DESeq2
26
常见问题
如何处理零膨胀和离散度估计
常见问题如何处理零膨胀
27
可视化陷阱
过度解释与假阳性
可视化陷阱过度解释
28
最佳实践
工作流程与代码组织
最佳实践工作流程
29
案例实战
真实RNA-seq数据集分析
案例实战RNA-seq
30
课程总结
如何选择适合的工具
课程总结如何选择适合的工…