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交互式RNA-seq差异表达可视化指南

共计 30 章节
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01
RNA-seq技术概述
什么是RNA-seq · 应用场景与优势
RNA-seq技术概述
02
实验设计原则
重复数 · 批次效应 · 对照设置
实验设计原则重复数
03
原始数据处理
FastQC质量评估 · Trimmomatic/Trimmo…
原始数据处理FastQC
04
序列比对
STAR/HISAT2比对原理与实操
序列比对STAR/HISAT2
05
表达定量
featureCounts与HTSe…
表达定量featureCount…
06
表达矩阵构建
基因×样本矩阵 · TPM/FPKM/RPKM/CPM标…
表达矩阵构建基因×样本矩阵
07
差异表达分析基础
DESeq2基本原理与模型
差异表达分析基础DESeq2
08
EdgeR与limma差异分析
适用场景与比较
EdgeRlimma
09
差异表达结果解读
p值 · padj · log2FoldChange含义
差异表达结果解读p值
10
火山图原理与静态绘制（用ggplot2/Matplotlib）
火山图原理与静态绘制（用ggplot2/… · 核心概念 · 实践要点
ggplot2/Matp…火山图原理
11
交互式火山图实现
使用Plotly的Scatter3D…
交互式火山图实现Plotly
12
热图基础
层次聚类与颜色映射（pheatmap…
热图基础pheatmap
13
交互式热图
Plotly Heatmap与Plo…
交互式热图Plotly
14
MA图（Bland-Altman图）原理与交互式实现
MA图（Bland-Altman图）原理… · 核心概念 · 实践要点
MABland-Altman
15
箱线图与小提琴图
基因表达分布可视化（交互式版本）
箱线图小提琴图
16
主成分分析（PCA）与交互式2D/3D散点图
主成分分析（PCA）与交互式2D/3D散… · 核心概念 · 实践要点
PCAD/3D
17
聚类分析与交互式树状图（Dendrogram + Heatmap联动）
聚类分析与交互式树状图（Dendrogr… · 核心概念 · 实践要点
DendrogramHeatmap
18
富集分析简介
GO · KEGG · GSEA基本原理
富集分析简介GO
19
交互式气泡图
富集结果的多维展示
交互式气泡图富集结果的多维展…
20
通路可视化
交互式网络图（使用Cytoscape…
通路可视化Cytoscape
21
多组比较与时间序列差异表达的可视化策略
多组比较与时间序列差异表达的可视化策略 · 核心概念 · 实践要点
多组比较时间序列差异表达…
22
基于Shiny的交互式应用框架
UI布局与服务器逻辑
Shiny基于
23
用R Shiny构建差异表达探索平台
参数调控与动态图表
Shiny用R
24
Python Dash入门
安装 · 布局 · 回调基本结构
PythonDash
25
Dash实战
构建包含火山图 · 热图 · 表格的仪表盘
Dash构建包含火山图
26
交互式数据表格
DT包与Dash DataTable…
交互式数据表格DT
27
图形联动
点击/选择事件在不同图表间传递
图形联动点击
28
部署交互式应用
Shiny Server · Dash on Render · Docker
部署交互式应用Shiny
29
大数据性能优化
数据分块 · 异步加载 · 缓存策略
大数据性能优化数据分块
30
完整案例实战
从FastQ到交互式报告的一站式流程
完整案例实战FastQ