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SMILES标准化与去重方法

共计 30 章节
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01
SMILES简介
SMILES发展历史 · 基本语法规则 · 原子与键的表示
SMILES简介
02
SMILES字符串结构
分支 · 环 · 芳香性
SMILES字符串结构
03
SMILES解析原理
从字符串到分子图
SMILES解析原理
04
标准SMILES概念
什么是标准化 · 为什么需要标准化
SMILES标准
05
原子排序规则
Cahn-Ingold-Prelog…
原子排序规则Cahn-Ingold-…
06
环闭合算法
最小环闭合 · 优先打开小环
环闭合算法最小环闭合
07
芳香性标准化
Kekulé结构与芳香性检测
芳香性标准化Kekul
08
同位素和电荷标准化
处理同位素标记 · 形式电荷
同位素电荷标准化
09
手性标准化
手性中心 · 四面体 · 顺反异构
手性标准化手性
10
互变异构体标准化
常见互变异构体（酮-烯醇 · 酰胺-亚胺酸等）的标准化规则
互变异构体标准化常见互变异构体
11
互变异构体标准化算法
基于枚举或规则的方法
互变异构体标准化…基于枚举或规则的…
12
标准化工具概述
RDKit · OpenBabel · CDK
标准化工具概述RDKit
13
RDKit中的CanonicalSmiles
使用RDKit生成标准SMILES
RDKitCanonicalSmi…
14
OpenBabel中的SMILES标准化
使用方法与参数
OpenBabelSMILES
15
自定义标准化规则
基于化学语言（SMARTS）的标准化
自定义标准化规则SMARTS
16
标准化流程设计
输入清洗 · 标准化步骤 · 输出校验
标准化流程设计输入清洗
17
SMILES去重简介
为什么需要去重 · 常见重复来源
SMILES去重简介
18
基于字符串的去重
直接比较SMILES字符串（注意标准…
基于字符串的去重SMILES
19
基于指纹的去重
摩根指纹 · MACCS指纹 · ECFP等
基于指纹的去重摩根指纹
20
基于分子图同构的去重
子图同构算法 · 使用InChI
基于分子图同构的…子图同构算法
21
InChI用于去重
InChI生成 · 标准化 · 比较
InChI用于去重
22
哈希去重
使用分子的哈希值快速去重
哈希去重使用分子的哈希值…
23
大规模数据去重
分布式去重策略与工具
大规模数据去重分布式去重策略
24
去重中的错误处理
假阳性 · 假阴性 · 数据质量问题
去重错误处理
25
互变异构体去重
处理互变异构体去重的特殊考虑
互变异构体去重处理互变异构体去…
26
立体异构体去重
手性异构体的处理策略
立体异构体去重手性异构体的处理…
27
标准化与去重流程整合
从原始SMILES到唯一化合物库
标准化去重流程整合
28
性能优化
加速标准化与去重的技巧（并行 · 缓存等）
性能优化加速标准化
29
实际案例
PubChem标准化流程 · ChEMBL去重实践
实际案例PubChem
30
总结与最佳实践
推荐的标准化与去重工作流 · 常见陷阱
最佳实践推荐的标准化