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Conda配置分子生成环境指南

共计 30 章节
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01
Conda简介与安装
Anaconda/Miniconda… · 下载 · 环境变量配置
Conda简介
02
创建和管理Conda环境
create · activate · deactivate
Conda创建
03
环境基础配置
Python版本选择（3.7/3.8…
环境基础配置Python
04
安装RDKit
分子处理核心库 · conda安装与pypi安装对比
RDKit安装
05
安装OpenBabel
分子格式转换 · 支持SMILES · SDF等
OpenBabel安装
06
安装PyTorch
深度学习框架 · CPU/GPU版本选择
PyTorch安装
07
安装TensorFlow
替代框架 · 与PyTorch共存注意事项
TensorFlow安装
08
安装DGL
图神经网络库 · 用于分子图建模
DGL安装
09
安装PyTorch Geometric
专用分子图网络扩展
PyTorchGeometric
10
安装NumPy、SciPy、Pandas
科学计算基础库
NumPySciPy
11
安装分子可视化库
nglviewer或py3Dmol
安装分子可视化库nglviewer
12
安装自动微分库JAX
用于高性能梯度计算
JAX安装自动微分库
13
配置GPU支持
CUDA Toolkit和cuDNN…
GPU配置
14
测试GPU是否可用
PyTorch/TensorFlow…
GPU测试
15
安装扩散模型相关库
e3nn · se3-transformer等
安装扩散模型相关…e3nn
16
安装VAE/GAN相关库
torchvision · lightning等
VAE/GAN安装
17
安装分子生成专用库
MolGAN · GraphAF · G-SchNet
安装分子生成专用…MolGAN
18
安装化学信息学库
ChemPy · cclib · molsets
安装化学信息学库ChemPy
19
安装量子化学接口
Psi4 · OpenFermion（可选）
安装量子化学接口Psi4
20
配置Jupyter Notebook内核
环境注册与使用
JupyterNotebook
21
配置远程服务器环境
SSH隧道 · tmux/screen用法
配置远程服务器环…SSH
22
环境复制与导出
environment.yml · conda env export
环境复制导出
23
解决依赖冲突的技巧
pin版本 · 使用cuda-toolkit解决
解决依赖冲突的技…pin
24
使用Mamba加速Conda
安装与替换conda命令
MambaConda
25
配置多版本Python环境
同时管理3.7与3.10
Python配置多版本
26
安装分子动力学库
OpenMM · MDTraj · MDAnalysis
安装分子动力学库OpenMM
27
安装分子指纹库
MACCS · ECFP · RDKit指纹生成
安装分子指纹库MACCS
28
配置分子生成工作流
Snakemake/Nextflow…
配置分子生成工作…Snakemake/Ne…
29
环境测试
运行一个简单分子生成示例（SMILE…
环境测试SMILE
30
常见问题与排错指南
库导入失败 · 版本冲突 · GPU不可用
常见问题排错指南