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SMILES到分子图转换教程

共计 30 章节
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01
SMILES简介
定义 · 历史与应用场景
SMILES简介
02
SMILES语法基础
原子 · 键 · 括号规则
SMILES语法基础
03
分支与环
SMILES中的分支表示和环编号
分支SMILES
04
立体化学与手性SMILES
@标记详解
SMILES立体化学
05
离子、同位素和价态表示方法
离子、同位素和价态表示方法 · 核心概念 · 实践要点
离子同位素
06
规范SMILES与Isomeric SMILES
规范SMILES与Isomeric SM… · 核心概念 · 实践要点
SMILESIsomeric
07
使用RDKit解析SMILES到分子对象
使用RDKit解析SMILES到分子对象 · 核心概念 · 实践要点
RDKitSMILES
08
分子图的基本概念
原子 · 键 · 图结构
分子图的基本概念原子
09
原子特征提取
原子类型 · 杂化 · 电荷
原子特征提取原子类型
10
键特征提取
键级 · 立体化学标记
键特征提取键级
11
分子图的邻接矩阵表示与构建
分子图的邻接矩阵表示与构建 · 核心概念 · 实践要点
分子图的邻接矩阵…构建
12
分子图的特征矩阵（节点特征）设计
分子图的特征矩阵（节点特征）设计 · 核心概念 · 实践要点
分子图的特征矩阵节点特征
13
分子图的边特征
键长 · 键能等
分子图的边特征键长
14
使用NetworkX构建分子图对象
使用NetworkX构建分子图对象 · 核心概念 · 实践要点
NetworkX使用
15
RDKit中的RWMol与编辑分子图
RDKit中的RWMol与编辑分子图 · 核心概念 · 实践要点
RDKitRWMol
16
分子指纹与图结构的关联
分子指纹与图结构的关联 · 核心概念 · 实践要点
分子指纹图结构的关联
17
从SMILES到分子图的Python实现（简单示例）
从SMILES到分子图的Python实现… · 核心概念 · 实践要点
SMILESPython
18
处理错误SMILES
异常捕获与调试技巧
SMILES处理错误
19
分子图的可视化
matplotlib与network…
分子图的可视化matplotlib
20
大规模SMILES处理
并行化与缓存优化
SMILES大规模
21
分子图标准化
去除氢 · 标准化键类型
分子图标准化去除氢
22
分子图的图核（Graph Kernel）简介
分子图的图核（Graph Kernel）… · 核心概念 · 实践要点
GraphKernel
23
图神经网络（GNN）与分子图表示学习
图神经网络（GNN）与分子图表示学习 · 核心概念 · 实践要点
GNN图神经网络
24
使用PyTorch Geometric处理分子图数据
使用PyTorch Geometric处… · 核心概念 · 实践要点
PyTorchGeometric
25
构建分子图数据集
从SMILES到Data对象
构建分子图数据集SMILES
26
分子图的增强与数据扩增方法
分子图的增强与数据扩增方法 · 核心概念 · 实践要点
分子图的增强数据扩增方法
27
分子性质预测中的图表示应用
分子性质预测中的图表示应用 · 核心概念 · 实践要点
分子性质预测图表示应用
28
分子图生成与逆设计基础
分子图生成与逆设计基础 · 核心概念 · 实践要点
分子图生成逆设计基础
29
常用工具与库
RDKit · Open Babel · ChemPy
常用工具RDKit
30
综合实战
SMILES→分子图完成化合物相似性…
综合实战SMILES