VIP20
本课程属于：055-化合物生成网络训练 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

扩散模型分子生成教程

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
分子生成概述
分子生成任务定义 · 药物设计中的意义 · 传统方法（VAE
分子生成概述分子生成任务定义
02
扩散模型基础
前向扩散过程 · 逆向去噪过程 · 马尔可夫链
扩散模型基础前向扩散过程
03
得分匹配与去噪得分匹配
Score Function · Langevin Dynamics · Denoising Score Ma…
得分匹配去噪得分匹配
04
DDPM详解
Denoising Diffusio… · 损失函数 · 采样过程
DDPMDenoising
05
DDIM与加速采样
非马尔可夫过程 · DDIM采样公式 · 加速策略
DDIM加速采样
06
条件扩散模型
Classifier Guidanc… · Classifier-Free Gu… · 条件信号引入方式
条件扩散模型Classifier
07
分子表示与编码
SMILES字符串 · 分子图（Graph） · 分子指纹
分子表示编码
08
SMILES序列扩散模型
字符级扩散 · SMILES语法约束 · 自回归与扩散结合
SMILES序列扩散模型
09
分子图扩散模型
图神经网络（GNN）基础 · 图扩散框架 · 节点特征与边特征联合生成
分子图扩散模型GNN
10
等变扩散模型
SE(3)等变性 · E(n)等变GNN · 分子构象生成的等变条件
等变扩散模型SE
11
三维分子构象生成
Coarse-to-Fine扩散 · 构象分布建模 · 与晶体结构预测的联系
三维分子构象生成Coarse-to-Fi…
12
分子构象采样与优化
基于扩散的构象采样 · 能量导向去噪 · 与分子动力学集成
分子构象采样优化
13
逆扩散与分子对接
配体-受体结合 · 扩散模型用于位点特异性生成 · 结合模式预测
逆扩散分子对接
14
分子属性优化扩散
多目标优化 · 分子性质预测器作为条件 · 可控属性生成
分子属性优化扩散多目标优化
15
引导分子优化的策略
对抗正则化 · 强化学习回传梯度 · 潜空间插值与扩散混合
引导分子优化的策…对抗正则化
16
数据增强与预训练
大数据分子预训练 · SMILES增强 · 无监督对比学习用于扩散
数据增强预训练
17
评价指标（上）
有效性 · 唯一性 · 新颖性
评价指标有效性
18
评价指标（下）
Lipinski规则 · QED · SA Score
评价指标Lipinski
19
分子数据集与预处理
ChEMBL · ZINC · MoleculeNet
分子数据集预处理
20
模型训练实战（一）
环境配置 · PyTorch基础 · 扩散模型训练循环
模型训练实战环境配置
21
模型训练实战（二）
分子特征提取 · 图数据加载 · 等变层实现
模型训练实战分子特征提取
22
模型训练实战（三）
采样流程 · 温度参数 · 批量生成
模型训练实战采样流程
23
基于扩散的分子逆向设计
从头设计 · 多轮优化 · 与合成可行性评分集成
基于扩散的分子逆…从头设计
24
分子库筛选与虚拟筛选
扩散生成库 · 与分子对接软件对接 · 先导化合物发现流程
分子库筛选虚拟筛选
25
先进变体
Score-based SDEs · 连续时间视角 · 逆时SDE采样
先进变体Score-based
26
扩散模型与生成对抗网络融合
GANs引导扩散 · 优势互补 · 稳定性分析
扩散模型生成对抗网络融合
27
分子对接与扩散结合案例
Case Study on DRD3 · SARS-CoV-2 Mpro · 药物重定位
分子对接扩散结合案例
28
可解释性与归因
注意力可视化 · 引导路径分析 · 原子属性贡献
可解释性归因
29
前沿趋势
扩散模型在多模态分子设计（文本+3D… · 量子化学性质预测中的拓展
前沿趋势扩散模型
30
课程总结与展望
知识体系回顾 · 行业应用现状 · 未来挑战（可合成性
课程总结知识体系回顾