VIP20
本课程属于：054-单细胞空间整合特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

自监督表示学习在空间转录组中的应用

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
课程导论
自监督学习与空间转录组概述 · 介绍课程目标 · 背景
课程导论自监督学习
02
空间转录组技术
10x Visium · Slide-seq · MERFISH等主流技术原理
空间转录组技术Visium
03
自监督学习基础
对比学习 · 掩码建模 · 生成式方法的基本概念
自监督学习基础对比学习
04
表示学习核心
编码器-解码器架构 · 动量编码器 · 负样本的作用
表示学习核心编码器
05
数据预处理
基因表达归一化 · 空间坐标编码 · 批次校正方法
数据预处理基因表达归一化
06
数据增强策略
基因掩码 · 空间旋转 · 噪声注入等技巧
数据增强策略基因掩码
07
SimCLR在空间转录组中的应用
对比损失函数 · 投影头设计
SimCLR空间转录组
08
MoCo框架
动态字典 · 队列机制实现高效对比学习
MoCo框架
09
BYOL
无负样本对比学习在空间数据上的适配
BYOL无负样本对比学习
10
掩码自编码器（MAE）
随机掩码基因 · 重构训练流程
MAE掩码自编码器
11
空间掩码策略
基于空间邻近性设计掩码模式
空间掩码策略基于空间邻近性设…
12
图神经网络基础
GCN · GAT · 消息传递机制
图神经网络基础GCN
13
自监督图表示学习
DGI · GraphMAE等经典方法
自监督图表示学习DGI
14
空间图构建
基于距离或组织学特征构建邻接图
空间图构建基于距离或组织学…
15
空间域识别
自监督预训练+微调实现区域划分
空间域识别自监督预训练+微…
16
基因表达预测
利用自监督表征进行空间插值
基因表达预测利用自监督表征进…
17
细胞类型注释
聚类与分类任务中的自监督特征
细胞类型注释聚类
18
空间区域分割
将自监督特征用于组织分区
空间区域分割将自监督特征用于…
19
多模态融合
空间转录组与组织学图像联合学习
多模态融合空间转录组
20
跨平台泛化
自监督表示的对齐与迁移技术
跨平台泛化自监督表示的对齐
21
模型评估指标
ARI · NMI · Silhouette Score
模型评估指标ARI
22
可视化方法
UMAP · 空间热图 · 特征重要性展示
可视化方法UMAP
23
常用工具包
SpaGCN · STAGATE · GraphST等介绍
常用工具包SpaGCN
24
自监督框架实现
基于PyTorch Lightnin…
自监督框架实现PyTorch
25
实际案例1
小鼠脑冠状切片空间转录组分析
实际案例1小鼠脑冠状切片空…
26
实际案例2
人类乳腺癌组织空间异质性分析
实际案例2人类乳腺癌组织空…
27
实际案例3
斑马鱼胚胎发育空间基因表达图谱
实际案例3斑马鱼胚胎发育空…
28
超参数调优与技巧
学习率 · 批大小 · 掩码比例等设置
超参数调优学习率
29
常见问题与避坑
过拟合 · 负样本选择 · 训练不稳定
常见问题避坑
30
未来展望
大模型在空间转录组中的潜力与挑战
未来展望大模型