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细胞间通信网络图学习实战

共计 30 章节
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01
细胞间通信概述
概念 · 生物学意义 · 常见配体-受体对
细胞间通信概述概念
02
单细胞转录组数据预处理
QC · 标准化 · 聚类
单细胞转录组数据…QC
03
细胞类型注释
常用方法 · Marker基因
细胞类型注释常用方法
04
配体-受体数据库介绍
CellChatDB · NicheNet · CellPhoneDB等
配体受体数据库介绍
05
表达矩阵与配体受体匹配。
表达矩阵与配体受体匹配 · 核心概念 · 实践要点
表达矩阵配体受体匹配
06
CellChat的安装与配置。
CellChat的安装与配置 · 核心概念 · 实践要点
CellChat的安装
07
CellChat基本流程
创建对象 · 运行推断
CellChat基本流程
08
通信概率计算与显著性检验。
通信概率计算与显著性检验 · 核心概念 · 实践要点
通信概率计算显著性检验
09
通信网络的可视化
点图 · 弦图 · 热图
通信网络的可视化点图
10
通信模式识别
outgoing/incoming…
通信模式识别outgoing/inc…
11
通信网络中心性分析。
通信网络中心性分析 · 核心概念 · 实践要点
通信网络心性分析
12
信号通路分析。
信号通路分析 · 核心概念 · 实践要点
信号通路分析重点
13
多组比较
条件间通信差异分析
多组比较条件间通信差异分…
14
NicheNet简介与原理。
NicheNet简介与原理 · 核心概念 · 实践要点
NicheNet简介
15
NicheNet的安装与数据准备。
NicheNet的安装与数据准备 · 核心概念 · 实践要点
NicheNet的安装
16
NicheNet配体活性预测。
NicheNet配体活性预测 · 核心概念 · 实践要点
NicheNet配体活性预测
17
NicheNet靶基因预测。
NicheNet靶基因预测 · 核心概念 · 实践要点
NicheNet靶基因预测
18
NicheNet可视化
点图 · 网络图
NicheNet可视化
19
CellPhoneDB的使用
命令行与Python接口
CellPhoneDB的使用
20
CellPhoneDB结果解读与可视化。
CellPhoneDB结果解读与可视化 · 核心概念 · 实践要点
CellPhoneDB结果解读
21
多工具整合分析思路。
多工具整合分析思路 · 核心概念 · 实践要点
多工具整合分析思…重点
22
空间转录组与细胞间通信
SpatialDB等
空间转录组细胞间通信
23
网络图基础
igraph · NetworkX
网络图基础igraph
24
Python网络可视化
matplotlib · plotly
Python网络可视化
25
交互式通信网络图
Cytoscape · Gephi
交互式通信网络图Cytoscape
26
自定义配体-受体数据库。
自定义配体-受体数据库 · 核心概念 · 实践要点
自定义配体受体数据库
27
批量分析与自动化流程。
批量分析与自动化流程 · 核心概念 · 实践要点
批量分析自动化流程
28
案例1
肿瘤微环境中的细胞间通信
案例1肿瘤微环境
29
案例2
发育过程中的细胞间通信
案例2发育过程
30
总结与常见问题解答。
总结与常见问题解答 · 核心概念 · 实践要点
常见问题解答总结与常见问题解…