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本课程属于：052-基因组注释特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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InterProScan功能注释从入门到实践

共计 30 章节
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01
InterProScan简介
什么是功能注释 · InterPro数据库家族概览 · InterProScan的定位与优势
InterProScan简介
02
安装与部署（Linux）
系统要求 · 下载InterProScan · 依赖环境配置（Java
Linux安装
03
Docker部署
拉取镜像 · 运行容器 · 挂载数据目录
Docker部署
04
数据库下载与管理
核心数据库列表（Pfam · ProDom等） · 使用interproscan.sh自…
数据库下载管理
05
命令行基础用法
运行格式 · 输入文件要求（FASTA） · 输出格式选择（TSV
命令行基础用法运行格式
06
输出格式详解（TSV）
列含义解析 · 序列ID · 数据库
TSV输出格式详解
07
输出格式详解（XML）
结构化数据 · 嵌套标签 · 解析方法（Python/XML库）
XML输出格式详解
08
输出格式详解（GFF3）
基因组注释格式 · 与IGV · JBrowse等工具联用
GFF3输出格式详解
09
并行与高性能运行
多线程参数设置（--cpu） · 作业拆分策略 · 集群环境下使用（Slurm/SGE）
并行高性能运行
10
蛋白质序列注释实战（一）
从UniProt获取目标序列 · 运行InterProScan · 解读Pfam结构域
蛋白质序列注释实…UniProt
11
蛋白质序列注释实战（二）
跨膜结构域预测（TMHMM） · 信号肽预测（SignalP） · 结合InterProScan结果
蛋白质序列注释实…TMHMM
12
蛋白质序列注释实战（三）
Gene Ontology（GO）注… · 从InterPro到GO的映射 · 富集分析前准备
蛋白质序列注释实…Gene
13
批量注释与自动化
Shell脚本封装 · 参数化设计 · 日志记录与重试机制
批量注释自动化
14
Python调用InterProScan
subprocess调用 · 解析XML结果 · 数据入库（SQLite）示例
PythonInterProScan
15
使用Galaxy平台进行InterProScan
Galaxy工作流配置 · 上传文件 · 参数选择
GalaxyInterProScan
16
图形界面应用（Bioinformatics Apps）
使用JBrowse展示GFF3 · 结合D3.js实现可视化
Bioinformati…Apps
17
结果后处理与统计
计算每条序列的结构域数量 · 统计数据库覆盖度 · 绘制分布图（Python/matpl…
结果后处理统计
18
错误排查与常见问题
内存不足 · 数据库不完整 · 输入格式错误
错误排查常见问题
19
与其他注释工具比较
InterProScan vs eg… · 适用场景选择
其他注释工具比较InterProScan
20
自定义数据库与外部程序
添加自定义HMM模型 · 集成外部预测工具（如DeepLoc）
自定义数据库外部程序
21
蛋白质家族与域数据库详解
Pfam · PRINTS · PROSITE
蛋白质家族域数据库详解
22
应用实例
植物基因家族注释：某作物蛋白组分析 · 鉴定NBS-LRR抗病基因
应用实例植物基因家族注释
23
应用实例
微生物宏蛋白组注释 · 注释功能潜力
应用实例微生物宏蛋白组注…
24
应用实例
癌症突变影响分析 · 结合ClinVar
应用实例癌症突变影响分析
25
版本升级与迁移
InterProScan新旧版本差异 · 数据库更新 · 迁移注意事项
版本升级迁移
26
InterProScan API介绍
REST API调用 · 获取注释结果 · 权限与限制
InterProScanAPI
27
整合进数据分析流水线
Snakemake/CWL工作流定义 · 依赖管理 · 可复现性
整合进数据分析流…Snakemake/CW…
28
数据存储与共享
结果导入SQL数据库 · 提供Web查询接口 · 搭建私有注释网站
数据存储共享
29
性能优化
调整Java堆内存 · 使用SSD加速数据库读取 · 减少I/O瓶颈
性能优化Java
30
未来发展与挑战
深度学习在域预测中的应用 · InterProScan社区生态 · 长期维护
未来发展挑战