VIP20

本课程属于：052-基因组注释特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

查看所属VIP全部课程 →

← 返回所属目录咨询 / 购买

基因组结构与功能注释质量指标评估

共计 30 章节

点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域

基因组注释评估概述

评估目的 · 常用指标 · 实践流程

基因组注释评估概…评估目的

基因组组装质量对注释的影响

N50 · contig完整性 · scaffold连接

基因组组装质量对…N50

重复序列注释评估

重复覆盖率 · 重复分类准确性 · 转座子识别

重复序列注释评估重复覆盖率

基因结构预测评估

外显子/内含子准确性 · CDS完整性 · 起始/终止密码子

基因结构预测评估外显子

基因功能注释评估

GO项富集 · KEGG通路 · Pfam结构域

基因功能注释评估GO

非编码RNA注释评估

tRNA · rRNA · miRNA

同源注释与从头预测的对比评估

基于同源性的准确性 · 从头预测的灵敏度

同源注释从头预测的对比评…

转录组数据辅助注释评估

RNA-seq比对率 · 剪接位点支持 · 表达一致性

转录组数据辅助注…RNA-seq

评估指标基础

评估指标基础TP

精确率、召回率与F1分数

计算 · 平衡与权衡

假阳性率与假阴性率

定义 · 影响与调控

假阳性率假阴性率

准确率与错误率

整体性能度量

准确率错误率

灵敏度与特异性

二元分类中的常用指标

灵敏度特异性

ROC曲线与AUC

绘制方法 · 解读与使用场景

PR曲线与AUPR

处理类别不平衡 · 与ROC的区别

马修斯相关系数（MCC）

综合指标计算与解释

MCC马修斯相关系数

基因完整度评估

BUSCO软件原理 · 运行与结果解读

基因完整度评估BUSCO

注释覆盖率评估

基因覆盖 · 外显子覆盖 · 转录本覆盖

注释覆盖率评估基因覆盖

注释一致性评估

不同软件 · 不同参数 · 不同版本的一致性比较

注释一致性评估不同软件

结构变异注释评估

插入 · 缺失 · 倒位

结构变异注释评估插入

可变剪接注释评估

不同剪接形式的支持度 · 剪接变异

可变剪接注释评估不同剪接形式的支…

启动子与转录因子结合位点注释评估

保守性 · 实验验证

启动子转录因子结合位点…

非编码区域保守性评估

跨物种比对 · PhastCons等

非编码区域保守性…跨物种比对

质量评估工具

GffCompare用法 · 结果解读 · GffRead功能

质量评估工具GffCompare

使用RepeatMasker评估重复注释

运行参数 · 输出文件 · 评估重复库

RepeatMasker使用

使用MAKER/BRAKER评估基因注释

评估统计 · 与参考比较

MAKER/BRAKER使用

模式物种（人类 · 拟南芥）注释评估流程

实践案例模式物种

非模式物种（自测序物种）注释评估策略

实践案例非模式物种

注释评估报告生成与可视化

生成PDF/HTML报告 · 绘制图表

注释评估报告生成可视化

未来趋势与总结

深度学习在注释评估中的应用 · 云计算

未来趋势深度学习