VIP20
本课程属于：052-基因组注释特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

基因组注释中BLAST比对特征构建指南

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
基因组注释概述与BLAST的核心作用
基因组注释概述与BLAST的核心作用 · 核心概念 · 实践要点
BLAST基因组注释概述
02
BLAST算法基础
blastn · blastp · blastx等原理
BLAST算法基础
03
BLAST数据库构建
从NCBI下载与自定义索引
BLAST数据库构建
04
BLAST命令行工具的基本使用与参数详解
BLAST命令行工具的基本使用与参数详解 · 核心概念 · 实践要点
BLAST命令行工具的基本…
05
BLAST输出格式解析
-outfmt 6详解与自定义
BLAST输出格式解析
06
比对特征定义
e-value · identity · coverage等
比对特征定义e-value
07
基于BLAST的基因预测流程介绍
基于BLAST的基因预测流程介绍 · 核心概念 · 实践要点
BLAST基于
08
重复序列检测
RepeatMasker与BLAST…
重复序列检测RepeatMasker
09
直系同源基因识别
OrthoFinder中的BLAST…
直系同源基因识别OrthoFinder
10
功能注释流程
InterProScan与BLAST…
功能注释流程InterProScan
11
大规模BATCH BLAST作业提交（SLURM/LSF）
大规模BATCH BLAST作业提交（S… · 核心概念 · 实践要点
BATCHBLAST
12
BLAST结果过滤策略
阈值选择与统计方法
BLAST结果过滤策略
13
特征提取
最佳匹配（best hit）策略
特征提取best
14
特征提取
多匹配处理与权重分配
特征提取多匹配处理
15
构建基因功能矩阵
GO与KEGG注释映射
构建基因功能矩阵GO
16
基于BLAST的变异检测
SNP/Indel的预筛选
BLAST基于
17
物种鉴定与条形码比对（COI/ITS）
物种鉴定与条形码比对（COI/ITS） · 核心概念 · 实践要点
COI/ITS物种鉴定
18
宏基因组BLAST分析
MEGAN与Kraken2对比
BLAST宏基因组
19
进化分析中的BLAST
Ka/Ks计算与同义替换
BLAST进化分析
20
BLAST与基因组浏览器的交互（IGV/GBrowse）
BLAST与基因组浏览器的交互（IGV/… · 核心概念 · 实践要点
BLASTIGV/GBrowse
21
自动化流程搭建
Snakemake与Conda环境
自动化流程搭建Snakemake
22
BLAST性能优化
线程数 · 内存与磁盘I/O
BLAST性能优化
23
BLAST并行化
GNU Parallel与多节点加速
BLAST并行化
24
BLAST结果可视化
Circos图与点阵图
BLAST结果可视化
25
基于BLAST特征的机器学习分类器构建
基于BLAST特征的机器学习分类器构建 · 核心概念 · 实践要点
BLAST基于
26
长读长测序数据的BLAST策略（minimap2对比）
长读长测序数据的BLAST策略（mini… · 核心概念 · 实践要点
BLASTminimap2
27
非编码RNA注释
miRNA · rRNA的BLAST检测
RNA非编码
28
水平基因转移检测
BLAST异常序列筛选
水平基因转移检测BLAST
29
比较基因组学中的BLAST
共线性分析
BLAST比较基因组学
30
课程总结
BLAST特征构建的最佳实践与常见陷…
课程总结BLAST