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可重复计算框架下的BLAST分析课程

共计 30 章节
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01
BLAST简介
发展历史 · 基本原理 · 主要类型（blastn/blastp…
BLAST简介
02
BLAST安装与配置
conda环境搭建 · 本地安装与验证
BLAST安装
03
BLAST数据库
格式说明 · 常用公共数据库下载 · 构建自定义数据库
BLAST数据库
04
BLAST命令行基础
blastn · blastp · blastx
BLAST命令行基础
05
BLAST关键参数详解
e-value · word size · gap penalties
BLAST关键参数详解
06
BLAST输出格式解析
默认表格 · XML · JSON
BLAST输出格式解析
07
BLAST结果解读
score · identity · coverage
BLAST结果解读
08
批量BLAST分析
Python/SHELL脚本驱动 · 并行与批处理
BLAST批量
09
BLAST结果后处理
过滤 · 统计 · 排序的Python/R实现
BLAST结果后处理
10
可重复计算概念
为什么需要可重复性？环境 · 代码 · 数据三要素
可重复计算概念为什么需要可重复…
11
工作流管理工具入门
Snakemake基本原理与安装
工作流管理工具入…Snakemake
12
Snakemake编写BLAST工作流
规则 · 输入输出 · 参数绑定
SnakemakeBLAST
13
Nextflow基础
概念 · 流程定义 · 与BLAST的结合
Nextflow概念
14
容器化技术
Docker与Singularity…
容器化技术Docker
15
使用容器运行BLAST
构建镜像 · 挂载数据 · 参数传递
BLAST使用容器运行
16
环境管理
conda环境与environmen…
环境管理conda
17
版本控制
Git在BLAST工作流中的最佳实践
版本控制Git
18
自动化测试
pytest/unittest验证B…
自动化测试pytest/unitt…
19
持续集成
Github Actions自动运行…
持续集成Github
20
参数记录与元数据管理
YAML/JSON配置文件的运用
参数记录元数据管理
21
可视化BLAST结果
使用ggplot2 · matplotlib绘制比较图
BLAST可视化
22
高性能计算中的BLAST
SLURM作业提交 · 资源分配
BLAST高性能计算
23
数据库分区与并行BLAST
分区策略 · 分布式运行
BLAST数据库分区
24
BLAST在宏基因组中的应用
16S/ITS分析流程
BLAST宏基因组
25
BLAST在进化分析中的应用
系统发育树的构建基础
BLAST进化分析
26
BLAST的局限性及优化策略
长读段 · 短读段的不同处理
BLAST的局限性
27
案例实战
构建可重复的物种鉴定流程（从头到尾）
案例实战构建可重复的物种…
28
案例实战
构建可重复的基因家族鉴定与注释流程
案例实战构建可重复的基因…
29
最佳实践总结
可重复BLAST分析checklis…
最佳实践总结BLAST
30
课程总结与未来展望
长读段时代 · 基于图比对的趋势
课程总结未来展望