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Snakemake在药物分子数据预处理中的应用

共计 30 章节
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01
Snakemake简介与安装
Snakemake是什么 · 安装方法 · 验证安装
Snakemake简介
02
Snakemake核心概念
规则（rule） · 输入输出 · 通配符
Snakemake核心概念
03
Snakefile基础编写
配置文件 · 全局参数 · 规则依赖
Snakefile基础编写
04
药物分子数据预处理概述
常见格式（SDF · SMILES · PDB）与清洗目标
药物分子数据预处…SDF
05
分子数据读取
用RDKit读取SDF · SMILES · PDB文件
分子数据读取RDKit
06
分子结构标准化
去除盐 · 溶剂 · 调整正确化合价
分子结构标准化去除盐
07
分子过滤
无效分子 · 带电错误 · 分子量范围筛选
分子过滤无效分子
08
电荷计算与质子化状态
pH 7.4下的主要形态
电荷计算质子化状态
09
3D构象生成与优化
EmbedMultipleConfs · MMFF优化
3D构象生成优化
10
分子描述符计算
RDKit内置描述符（LogP · TPSA等）
分子描述符计算RDKit
11
分子指纹计算
Morgan · MACCS · Topological指纹
分子指纹计算Morgan
12
分子相似性分析
Tanimoto系数 · 相似性矩阵
分子相似性分析Tanimoto
13
分子对接前的配体处理
加氢 · 生成构象 · 分配电荷
分子对接前的配体…加氢
14
分子对接结果的预处理
提取打分 · 聚类 · 筛选
分子对接结果的预…提取打分
15
数据清洗
缺失值填补 · 异常值检测与删除
数据清洗缺失值填补
16
特征工程
标准化 · 归一化 · PCA降维
特征工程标准化
17
数据集划分
分层抽样 · 随机拆分 · 时间序列拆分
数据集划分分层抽样
18
并行化处理
Snakemake的线程 · 集群配置 · subprocess
并行化处理Snakemake
19
日志记录与错误处理
rule日志 · 错误重试 · 异常捕获
日志记录错误处理
20
缓存与增量计算
checkpoint机制 · 动态输入
缓存增量计算
21
条件规则与分支
根据参数选择不同处理路径
条件规则分支
22
报告生成
Snakemake内置HTML报告 · 自定义模板
报告生成Snakemake
23
自定义报告集成图表
分子分布 · 描述符统计
自定义报告集成图…分子分布
24
管道测试与调试
--dry-run · 可视化DAG · 日志分析
管道测试调试
25
版本控制与可重复性
conda环境 · Singularity容器 · Git
版本控制可重复性
26
大型数据集处理
chunk分块 · 内存流式 · 磁盘I/O优化
大型数据集处理chunk
27
与数据库交互
从ZINC · ChEMBL · PubChem下载数据
数据库交互ZINC
28
与机器学习框架集成
scikit-learn · PyTorch · LightGBM
机器学习框架集成scikit-learn
29
实际案例
构建完整的分子预处理管道（从原始SD…
实际案例SD
30
总结与最佳实践
常见陷阱 · 性能优化 · 可维护性建议
最佳实践常见陷阱