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ADMET分子数据预处理Snakemake教程

共计 30 章节
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01
ADMET与药物研发
ADMET概念 · 重要性 · 数据来源概述
ADMET药物研发
02
Snakemake工作流入门
Snakemake安装 · 基本语法 · 第一个Snakefile
Snakemake工作流入门
03
分子数据获取
ChEMBL · PubChem · ZINC数据库下载与格式转换
分子数据获取ChEMBL
04
分子表示与标准格式
SMILES · InChI · SDF
分子表示标准格式
05
数据清洗基础
缺失值处理 · 重复分子剔除 · 无效SMILES过滤
数据清洗基础缺失值处理
06
分子标准化
电荷中和 · 互变异构体规范化 · 片段去除
分子标准化电荷
07
分子指纹计算
ECFP · MACCS · Morgan指纹生成与Snakema…
分子指纹计算ECFP
08
分子描述符计算
rdkit描述符 · MW · LogP
分子描述符计算rdkit
09
三维构象生成
EmbedMultipleConfs · 能量最小化与RMSD过滤
三维构象生成EmbedMultipl…
10
数据拆分
骨架划分 · 基于相似度的训练/验证/测试集拆分
数据拆分骨架划分
11
Snakemake配置文件
YAML格式配置数据路径 · 参数 · 环境变量
Snakemake配置文件
12
通配符与动态输入
使用{wildcards}处理多文件 · 多任务并行
通配符动态输入
13
规则依赖与DAG
rule order · input/output chain · 可视化DAG
DAG规则依赖
14
日志与错误处理
log文件记录 · shell命令错误捕获 · 重试机制
日志错误处理
15
容器化与conda环境
Snakemake与Docker/S… · Conda环境管理
conda容器化
16
集群提交
SLURM/PBS集群配置 · 资源请求 · 作业调度
集群提交SLURM/PBS
17
ADMET吸收模型预处理
Caco-2 · PAMPA数据格式化与归一化
ADMET吸收模型预处理
18
ADMET分布模型预处理
血浆蛋白结合率(PPB) · 血脑屏障(BBB)数据清洗
ADMET分布模型预处理
19
ADMET代谢模型预处理
CYP450抑制/底物数据标注与平衡
ADMET代谢模型预处理
20
ADMET排泄模型预处理
清除率 · 半衰期数据单位统一与异常值处理
ADMET排泄模型预处理
21
ADMET毒性模型预处理
hERG · AMES · LD50数据标签编码与类别平衡
ADMET毒性模型预处理
22
多任务学习数据组装
将不同ADMET终点合并为多标签格式
多任务学习数据组…ADMET
23
特征选择与降维
方差阈值 · 互信息 · PCA在Snakemake中的实现
特征选择降维
24
数据集版本管理
使用Snakemake checkp…
数据集版本管理Snakemake
25
报告生成
Snakemake内置报告函数与自定…
报告生成Snakemake
26
单元测试与校验
对关键预处理步骤编写pytest测试…
单元测试校验
27
持续集成(CI)
GitHub Actions自动触发…
CI持续集成
28
性能优化
缓存 · 并行度调优 · 内存控制实践
性能优化缓存
29
常见错误与调试
通配符冲突 · 文件未更新 · 环境不一致等实战案例
常见错误调试
30
完整项目实战
从原始数据到标准化ADMET数据集的…
完整项目实战ADMET