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ADMET预测中分子描述符选择指南

共计 30 章节
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01
课程导论
ADMET预测的重要性与分子描述符的…
课程导论ADMET
02
分子描述符基础
定义 · 分类与化学空间表征
分子描述符基础定义
03
几何描述符
分子体积 · 表面积 · 椭球参数的计算与选择
几何描述符分子体积
04
拓扑描述符
Wiener指数 · Zagreb指数 · 分子连接性指数
拓扑描述符Wiener
05
物理化学描述符（一）
分子量 · logP · 水溶性
物理化学描述符分子量
06
物理化学描述符（二）
氢键供体/受体计数 · 可旋转键数
物理化学描述符氢键供体
07
电子描述符
电荷分布 · 偶极矩 · LUMO/HOMO能级
电子描述符电荷分布
08
拓扑极性表面积（TPSA）
计算原理与吸收相关性
TPSA拓扑极性表面积
09
摩尔折射率与极化率
在渗透性与代谢中的作用
摩尔折射率极化率
10
pKa与电离状态描述符
对吸收与毒性的影响
pKa电离状态描述符
11
指纹描述符（ECFP、MACCS、FCFP）在ADMET建模中的选择
指纹描述符（ECFP · 核心概念 · 实践要点
ECFPMACCS
12
溶剂可及表面积（SASA）及其分解
极性/非极性占比
SASA溶剂可
13
分子柔性描述符
可旋转键 · 环数 · 刚性指数
分子柔性描述符可旋转键
14
药效团特征描述符
氢键 · 疏水 · 芳环等特征计数
药效团特征描述符氢键
15
常用分子描述符计算工具
RDKit · PaDEL · OpenBabel
常用分子描述符计…RDKit
16
描述符标准化与预处理
缩放 · 缺失值处理 · 异常值筛选
描述符标准化预处理
17
描述符相关性分析
皮尔逊 · 斯皮尔曼系数与冗余去除
描述符相关性分析皮尔逊
18
特征选择方法（一）
过滤法——方差阈值 · 互信息 · 卡方检验
特征选择方法过滤法
19
特征选择方法（二）
包装法——递归特征消除（RFE） · 前向/后向搜索
特征选择方法RFE
20
特征选择方法（三）
嵌入法——L1正则化 · 树模型特征重要性 · XGBoost增益
特征选择方法L1
21
基于规则的描述符筛选
Lipinski五规则 · Veber规则 · Ghose过滤
基于规则的描述符…Lipinski
22
面向特定ADMET终点的描述符选择
肠道吸收 · 血脑屏障 · 皮肤渗透
ADMET面向特定
23
面向代谢稳定性与毒性的描述符
CYP酶结合位点 · hERG阻断相关特征
面向代谢稳定性毒性的描述符
24
描述符组合与高阶衍生特征
交互项 · 平方项 · 比率特征
描述符组合高阶衍生特征
25
模型评估与特征稳定性
交叉验证中的描述符波动分析
模型评估特征稳定性
26
实战案例（一）
建立logP预测模型的描述符选择流程
实战案例logP
27
实战案例（二）
建立Caco-2渗透性预测模型的描述…
实战案例Caco-2
28
实战案例（三）
建立hERG毒性预测模型的关键描述符…
实战案例hERG
29
常见陷阱与避坑指南
过拟合 · 数据泄露 · 描述符可解释性
常见陷阱避坑指南
30
课程总结与前沿方向
深度学习自动特征学习 · 图神经网络描述符
课程总结前沿方向