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生物信息学与 AI 制药工程
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051-ADMET预测特征学习任务
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《图神经网络特征在ADMET中的应用案例》
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本课程属于:051-ADMET预测特征学习任务
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图神经网络特征在ADMET中的应用案例
共计 30 章节
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01
课程概述
图神经网络与ADMET预测
课程概述
ADMET
02
分子图表示基础
原子 · 键 · 图结构
分子图表示基础
原子
03
图神经网络核心思想
消息传递 · 聚合 · 更新
图神经网络核心思…
消息传递
04
常见图神经网络模型
GCN · GAT · GraphSAGE
常见图神经网络模…
GCN
05
图神经网络在药物发现中的应用概览
图神经网络在药物发现中的应用概览 · 核心概念 · 实践要点
图神经网络
药物发现
06
ADMET性质简介
吸收 · 分布 · 代谢
ADMET
性质简介
07
ADMET预测的挑战与数据特点
ADMET预测的挑战与数据特点 · 核心概念 · 实践要点
ADMET
预测的挑战
08
分子图特征工程
原子特征 · 键特征 · 全局特征
分子图特征工程
原子特征
09
数据集介绍
PubChem · ChEMBL · ADMETlab等
数据集介绍
PubChem
10
数据预处理
分子标准化 · 数据划分 · 过采样
数据预处理
分子标准化
11
图神经网络模型构建
使用PyTorch Geometri…
图神经网络模型构…
PyTorch
12
模型训练
损失函数 · 优化器 · 评估指标
模型训练
损失函数
13
图神经网络特征可视化
节点嵌入 · 图嵌入
图神经网络特征可…
节点嵌入
14
案例一
水溶性预测(吸收相关)
案例一
水溶性预测
15
案例二
血脑屏障透过性预测(分布)
案例二
血脑屏障透过性预…
16
案例三
CYP450代谢稳定性预测(代谢)
案例三
CYP450
17
案例四
肾清除率预测(排泄)
案例四
肾清除率预测
18
案例五
hERG毒性预测(毒性)
案例五
hERG
19
多任务学习
同时预测多个ADMET性质
多任务学习
ADMET
20
图注意力机制在ADMET中的应用
图注意力机制在ADMET中的应用 · 核心概念 · 实践要点
ADMET
图注意力机制
21
图神经网络与分子指纹融合
图神经网络与分子指纹融合 · 核心概念 · 实践要点
图神经网络
分子指纹融合
22
图神经网络的可解释性
注意力权重 · 梯度分析
图神经网络的可解…
注意力权重
23
模型验证与对比实验
与随机森林 · GNN对比
模型验证
对比实验
24
超参数调优
网格搜索 · 贝叶斯优化
超参数调优
网格搜索
25
模型部署与推理加速
模型部署与推理加速 · 核心概念 · 实践要点
模型部署
推理加速
26
图神经网络在大规模虚拟筛选中的应用
图神经网络在大规模虚拟筛选中的应用 · 核心概念 · 实践要点
图神经网络
大规模虚拟筛选
27
图神经网络与分子动力学模拟的结合
图神经网络与分子动力学模拟的结合 · 核心概念 · 实践要点
图神经网络
分子动力学模拟的…
28
前沿进展
图Transformer · 预训练模型(如GROVER)
前沿进展
Transformer
29
课程总结
GNN在ADMET中的优势与局限
课程总结
GNN
30
综合实战
构建一个完整的ADMET预测流水线
综合实战
ADMET
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