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本课程属于：049-蛋白质组学特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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MaxQuant搜库参数调优教程

共计 30 章节
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01
MaxQuant概述
发展历程 · 核心功能 · 在蛋白质组学定量分析中的地位
MaxQuant发展历程
02
MaxQuant安装与配置
系统要求 · 安装步骤 · Java环境配置
MaxQuant安装
03
MaxQuant用户界面
主窗口布局 · 参数面板介绍 · 结果浏览器使用方法
MaxQuant用户界面
04
实验设计与样本分组
标记策略选择（Label‑free · TMT · iTRAQ
实验设计样本分组
05
原始数据导入
RAW文件格式要求 · Centroid与Profile模式 · 数据预处理选项
原始数据导入RAW
06
搜库参数基础
数据库选择 · 酶切规则 · 可变修饰
搜库参数基础数据库选择
07
酶切参数调优
蛋白酶选择（Trypsin/P · LysC） · 最大漏切位点
酶切参数调优Trypsin/P
08
修饰参数设置
常见修饰（Oxidation (M) · Acetyl (Protein N‑… · 最大修饰数目
修饰参数设置Oxidation
09
肽段鉴定参数
前体质量容差 · 碎片质量容差 · 电荷状态范围
肽段鉴定参数前体质量容差
10
FDR控制策略
PSM FDR · 肽段FDR · 蛋白FDR
FDR控制策略
11
定量参数概览
iBAQ · LFQ · TMT reporter ion
定量参数概览iBAQ
12
LFQ参数详解
最小比率计数 · 稳定比率 · Normalization方法
LFQ参数详解
13
TMT/iTRAQ定量
Reporter ion提取窗口 · 杂质校正矩阵 · 通道校正因子
TMT/iTRAQ定量
14
SILAC定量
标记氨基酸选择 · 重链/轻链比率估计 · 误差模型参数
SILAC定量
15
Match between runs
时间对齐窗口大小 · 最小匹配分数 · 使用场景与注意事项
Matchbetween
16
鉴定后处理
多肽打分函数 · 蛋白Grouping规则 · Occam's razor原则
鉴定后处理多肽打分函数
17
参数优化策略
使用标准品（E.coli lysat… · 网格搜索方法
参数优化策略E.coli
18
性能与内存调优
多线程并行 · 内存分配上限 · 临时文件大小控制
性能内存调优
19
常见问题与排错
搜库中途崩坏 · 内存溢出 · 结果文件缺失
常见问题排错
20
多批次数据整合
批次效应检测 · 合并参数一致性 · 跨批次归一化方法
多批次数据整合批次效应检测
21
下游分析接口
evidence.txt · peptides.txt · proteins.txt解读
下游分析接口evidence.txt
22
自定义数据库构建
UniProt下载 · 目标‑诱饵库生成 · 污染库添加
自定义数据库构建UniProt
23
特定样本类型参数调节
血浆 · 磷酸化富集 · 单细胞级别样本的个性化设置
特定样本类型参数…血浆
24
可变与固定修饰组合策略
平衡鉴定深度与假阳性 · 修饰概率阈值优化
可变固定修饰组合策略
25
质量容差优化
基于仪器类型（Orbitrap · Q‑TOF · timsTOF）的推荐值与调节方法
质量容差优化Orbitrap
26
肽段长度与电荷过滤
最小/最大长度 · 电荷与长度关系过滤 · 疏水性影响
肽段长度电荷过滤
27
数据质量评估
Base peak色谱 · MS/MS计数 · 缺失值分布
数据质量评估Base
28
参数调优自动化
使用MaxQuant命令行接口 · 批处理脚本 · 参数模板复用
参数调优自动化MaxQuant
29
版本更新与参数兼容性
MaxQuant版本差异 · 配置文件迁移 · 新参数介绍
版本更新参数兼容性
30
综合实战案例
从原始RAW数据到蛋白质定量结果的全…
综合实战案例RAW