VIP20
本课程属于：049-蛋白质组学特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

MaxQuant定量算法参数调优详解

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
MaxQuant概述
软件历史 · 功能模块 · 应用场景及在蛋白质组学定量中的重要性
MaxQuant软件历史
02
MaxQuant安装与配置
系统要求 · 安装步骤 · 环境变量设置及常见问题
MaxQuant安装
03
MaxQuant工作流程
原始质谱数据导入 · Andromeda搜库 · 定量与质量控制流程详解
MaxQuant工作流程
04
参数调优基本概念
为什么需要调优 · 常见性能指标（鉴定数 · 定量精度
参数调优基本概念为什么需要调优
05
实验设计对参数选择的影响
标记定量（TMT/iTRAQ）与非标…
实验设计对参数选…TMT/iTRAQ
06
搜索引擎参数概览
Andromeda与Mascot参数… · 核心参数认知
搜索引擎参数概览Andromeda
07
Andromeda肽段匹配参数
母离子质量公差 · 碎片离子匹配方式 · 评分函数
Andromeda肽段匹配参数
08
前体离子参数调优
质量精度 · 同位素模式容差 · 电荷状态设置
前体离子参数调优质量精度
09
碎片离子参数调优
碎片类型选择 · 碎片容差 · 最小峰匹配数
碎片离子参数调优碎片类型选择
10
酶切参数
酶特异性 · 最大漏切数 · 半酶切与全酶切选择
酶切参数酶特异性
11
修饰参数
固定修饰与可变修饰种类 · 最大可变修饰数对鉴定影响
修饰参数固定修饰
12
定量参数总览
定量类型选择（LFQ · TMT · iTRAQ）
定量参数总览LFQ
13
LFQ算法参数
匹配间保留时间对齐 · 归一化方法（LFQ ratio） · minimum ratio coun…
LFQ算法参数
14
TMT/iTRAQ参数
报告离子提取 · 杂质校正（impurity corr… · 通道归一化
TMT/iTRAQ参数
15
肽段与蛋白质FDR控制
目标-诱饵库策略 · FDR阈值（0.01 vs 0.05… · 争辩原理
FDR肽段
16
蛋白质组学鉴定规则
最小肽段数 · 唯一肽段要求 · 蛋白质组与蛋白质group
蛋白质组学鉴定规…最小肽段数
17
数据预处理参数
最小强度过滤 · 缺失值处理（MAD · KNN等）
数据预处理参数最小强度过滤
18
输出结果参数
结果文件格式（evidence · peptides · proteinGroups等）
输出结果参数evidence
19
质控参数
CV阈值 · 相关系数 · 样品间异常值检测
质控参数CV
20
并行计算参数
线程数 · 内存分配 · 运行时间控制与批处理队列
并行计算参数线程数
21
高级参数
二次搜索引擎 · 多库搜索（contaminant · reverse）
高级参数二次搜索引擎
22
标样与批处理参数
批次效应校正 · 重复性评估 · R包整合
标样批处理参数
23
特殊样品类型参数
磷酸化蛋白质组学 · 无标记定量 · 微量样品处理
特殊样品类型参数磷酸化蛋白质组学
24
参数调优策略
网格搜索 · 随机搜索 · 贝叶斯优化及经验法则
参数调优策略网格搜索
25
评估指标详解
鉴定数量 · 定量精度（CV分布） · 灵敏度
评估指标详解鉴定数量
26
常见参数错误与修正
过度拟合 · 过低FDR导致鉴定不足 · 缺失值过多等
常见参数错误修正
27
案例分析一
label-free定量参数调优完整…
案例分析一label-free
28
案例分析二
TMT 10plex定量参数调优与批…
案例分析二TMT
29
参数调优工具与脚本
利用Python和R进行批量参数扫描…
参数调优工具脚本
30
参数调优总结与最佳实践
推荐参数组合 · 常见陷阱 · 未来发展方向
参数调优总结最佳实践