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宏基因组分析流程搭建从入门到实战

共计 30 章节
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01
宏基因组学概述
定义 · 发展历史 · 应用领域
宏基因组学概述定义
02
测序技术基础
二代测序 · 三代测序原理及特点
测序技术基础二代测序
03
宏基因组数据获取
公共数据库（SRA · ENA）下载与本地测序数据管理
宏基因组数据获取SRA
04
计算环境搭建
Linux基础 · conda环境配置 · 常用软件安装
计算环境搭建Linux
05
原始数据质量控制
FastQC · MultiQC · Trimmomatic/ fastp…
原始数据质量控制FastQC
06
去宿主序列
Bowtie2/BWA 比对去除宿主…
去宿主序列Bowtie2/BWA
07
宏基因组组装
MEGAHIT · metaSPAdes 原理与实战
宏基因组组装MEGAHIT
08
组装结果评估
QUAST · MetaQUAST · 组装统计
组装结果评估QUAST
09
基因预测
Prodigal · MetaGeneMark 使用
基因预测Prodigal
10
基因注释
基于NR/COG/KEGG数据库的注… · BLAST）
基因注释NR/COG/KEGG
11
物种分类学注释
Kraken2 · Bracken · Centrifuge 原理与实战
物种分类学注释Kraken2
12
功能注释
HMMER · Pfam · dbCAN 等数据库注释
功能注释HMMER
13
丰度定量
基于读长比对（Bowtie2/sal…
丰度定量Bowtie2/sal
14
宏基因组分箱（Binning）
MetaBAT2 · MaxBin2 · CONCOCT 使用
Binning宏基因组分箱
15
分箱结果优化与评估
CheckM · DAS_Tool · bin refinement
分箱结果优化评估
16
单菌基因组（MAG）分析
基因组完成度 · 污染度 · 分类学定位
MAG单菌基因组
17
代谢途径重建
KEGG · MetaCyc 路径分析
代谢途径重建KEGG
18
抗性基因分析
CARD · ResFinder · ARGSOAP 数据库比对
抗性基因分析CARD
19
病毒组分析
VIBRANT · VirSorter · CheckV 识别病毒序列
病毒组分析VIBRANT
20
宏转录组整合
同时处理DNA和RNA数据的方法
宏转录组整合DNA
21
比较宏基因组学
主坐标分析（PCoA） · PERMANOVA · 差异丰度分析（DESeq2
比较宏基因组学PCoA
22
微生物群落功能潜力
多样性与富集分析
微生物群落功能潜…多样性
23
宏基因组数据可视化
R语言（ggplot2 · phyloseq） · Python（plotly）
宏基因组数据可视…ggplot2
24
工作流管理
Snakemake 或 Nextfl…
工作流管理Snakemake
25
高性能计算（HPC）集群使用
SLURM作业提交 · 资源管理
HPC高性能计算
26
标准流程案例1
人体肠道宏基因组分析（从原始数据到物…
标准流程案例1人体肠道宏基因组…
27
标准流程案例2
环境土壤宏基因组分析（功能基因挖掘）
标准流程案例2环境土壤宏基因组…
28
标准流程案例3
海洋宏基因组（病毒-宿主互作）
标准流程案例3海洋宏基因组
29
结果解读与报告撰写
图表制作 · 结论推导 · 论文常见图表
结果解读报告撰写
30
课程总结与进阶方向
宏组学 · 单细胞宏基因组 · AI应用
课程总结进阶方向