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本课程属于：048-宏基因组分析特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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宏基因组分析工具链配置与流程验证

共计 30 章节
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01
课程概述与学习目标
宏基因组学简介 · 常用工具链总览 · 课程安排与前置知识要求
课程概述学习目标
02
Linux基础与服务器配置
SSH连接 · 文件系统 · 权限管理
Linux服务器配置
03
Conda环境管理
创建隔离环境 · 安装生物信息软件 · 环境导出与复制
Conda环境管理
04
高通量测序数据获取与格式
FASTQ格式详解 · SRA/ENA数据下载（fastq-… · prefetch）
高通量测序数据获…格式
05
测序质量评估——FastQC
安装FastQC · 基本用法 · 输出报告解读
FastQC测序质量评估
06
质量控制——Trimmomatic
安装 · 参数详解（ILLUMINACLIP · SLIDINGWINDOW
Trimmomatic质量控制
07
质量控制——fastp
安装 · 一键质控 · 适配体去除
fastp质量控制
08
序列拼接基础与MEGAHIT
MEGAHIT安装 · 核心参数（k-mer列表 · 内存控制）
MEGAHIT序列拼接基础
09
SPAdes拼接器
安装 · 参数设置（--meta · --k）
SPAdes拼接器
10
IDBA-UD拼接器
安装 · 参数详解（--mink · --maxk
IDBA-UD拼接器
11
拼接结果评估——QUAST
安装 · 基本用法 · 拼接统计指标（N50
QUAST拼接结果评估
12
拼接结果评估——BUSCO
安装 · Lineage数据集选择 · 运行模式（auto
BUSCO拼接结果评估
13
基因预测——Prodigal
安装 · meta模式 · 输出格式（GFF
Prodigal基因预测
14
基因注释——序列比对基础
BLAST安装与配置 · 构建数据库 · blastp/blastx用法
基因注释序列比对基础
15
功能注释——KEGG
使用KOBAS或GhostKOALA… · 注释流程 · 通路映射
KEGG功能注释
16
功能注释——eggNOG-mapper
安装 · 数据库下载 · 功能注释
eggNOG-mappe…功能注释
17
功能注释——Pfam与InterProScan
Pfam数据库下载 · InterProScan安装与运行 · 结构域注释
PfamInterProScan
18
种属分类——Kraken2
安装 · 构建/下载数据库 · 分类运行
Kraken2种属分类
19
种属分类——Bracken
安装 · 与Kraken2配合使用 · 丰度估计
Bracken种属分类
20
种属分类——MetaPhlAn
安装 · 数据库下载 · 运行
MetaPhlAn种属分类
21
功能通路分析——HUMAnN
安装 · 数据库配置 · 流程（nucleotide vs t…
HUMAnN功能通路分析
22
分箱（Bin）基础——MaxBin
安装 · 运行参数（标记基因集） · 结果可视化
BinMaxBin
23
分箱——MetaBAT
安装 · 运行参数（深度 · 四核苷酸频率）
MetaBAT分箱
24
分箱——CONCOCT
安装 · 运行流程（基于共丰度聚类） · 结果评估
CONCOCT分箱
25
分箱结果优化——DASTool
安装 · 输入格式（不同分箱结果） · DAS评分
DASTool分箱结果优化
26
分箱评估——CheckM
安装 · lineage_wf运行 · 完整性/污染度/异质性评估
CheckM分箱评估
27
差异丰度分析——LEfSe
安装（R包 · Galaxy） · 输入数据格式
LEfSe差异丰度分析
28
差异丰度分析——STAMP
安装（图形界面/命令行） · 统计分析 · 多重检验校正与效应量
STAMP差异丰度分析
29
数据可视化基础
R与ggplot2配置 · 热图（pheatmap） · PCoA/NMDS
数据可视化基础ggplot2
30
综合案例实战与总结
从原始数据到完整分析流程演示 · 常见错误排查 · 工具链配置优化建议
综合案例实战从原始数据到完整…